2019年10月9日，单细胞转录组再等Nature。题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究，对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析，构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。（https://www.nature.com/articles/s41586-019-1652-y）

单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。

现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训，在第一期基础上进一步精进提高，适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。

如果时间等不及，可以参加我们的线上视频课程，随时加入，随时开始。（购买之前联系我们，更有办法获得本次课程更新的视频）

课程简介

本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鉴定，Pseudo-time分析，单细胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转单细胞转录组分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

教程内容简介如下：

单细胞转录组技术介绍

1. 单细胞转录组学研究技术介绍

2. 单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项

3. 二代、三代测序过程和原理解析

4. 单细胞转录组学文章案例分析

5. 目标基因GSEA/GO富集分析

单细胞转录组分析

1. 单细胞数据预处理和校正

2. 细胞分型，PCA,  TSNE,  SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)

3. 单细胞发育演化分析

4. 转录组常见图形在线绘制

5. 单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析

6. 单细胞数据整合分析、批次校正

单细胞数据可视化

绘制和理解单细胞分析常见图形

生信基础知识

1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

单细胞系列教程

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• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）- 引言

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验平台

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）- 原始数据质控

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）- 文库拆分和细胞鉴定

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）- STAR, Kallisto定量

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）- 构建表达矩阵，UMI介绍

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十）- Scater基因评估和过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十一）- Scater单细胞表达谱PCA可视化

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十二）- Scater单细胞表达谱tSNE可视化

• 单细胞分群后，怎么找到Marker基因定义每一类群？

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定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。

如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。

主讲教师

陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数5万+，累计阅读千万次。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-11-29 到 2019-12-1 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：开课当天

授课地点

北京市西城区鼓楼附近

课程价格

1. 截止 2019-11-10  4500 元/人

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道 （老学员不受限）

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

2. 赠送程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)

4. 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）

5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）

注意事项 *

1. 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统（MAC也可），4G以上内存(推荐8G)。

   课程实践根据需要会提供云计算平台

2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊

3. 上课期间禁止录音，录像

4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；

   也可申请退款

5. 若临时有事不能参加，请提前联系。

   开课前两周退报，预付款全退。

   开课前两周内，预付款退800元，开课前一周内，预付款退500，开课前两天，预付款不退。

   不可先延期再退款

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