RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库
Lipinski规则
有机小分子药物设计中,很多小分子候补化合物往往具有很好的in vitro活性,但是一旦进入下一步动物实验的时候,in vivo的药理活性常常得不到很好的结果。往往当出现这种情况的时候,就涉及到药代动力学范畴,比如透膜性,代谢稳定性等除了小分子候补药物与靶蛋白结合能力以外必须要考虑的问题。尤其是口服的化合物,口服后需要考虑如何被消化器官吸收,如何通过细胞膜到达细胞内部发挥作用等等问题。
RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库相关推荐
- RDKit | 基于Murcko骨架聚类化合物库
化合物多样性评估 一种方法是使用合适的指纹技术将化合物矢量化并评估他们之间的距离.这种方法经常被使用,但是对于人类很难直观地理解化合物之间的距离. 基于Murcko骨架,分子大致聚集在化合物骨架中,并 ...
- RDKit | 基于Ward方法对化合物进行分层聚类
从许多化合物构建结构多样的化合物库: 聚类方法 基于距离的方法 基于分类的方法 使用优化方法的方法 通过使用Ward方法进行聚类从化合物库中选择"各种"化合物,Ward方法是分层聚 ...
- RDKit | 通过Lipinski规则了解如何在RDKit中处理描述符
以Lipinski的为主题,学习RDKit如何处理表征分子特性的" 描述符 ". 描述符 描述符是确定分子性质的指标.当然,水的性质是水的溶解度和大小的性质,生物活 ...
- RDKit | 基于随机森林的化合物活性二分类模型
基于随机森林算法的化合物二分类机器学习模型 代码示例 #导入依赖包 import pandas as pd import numpy as np from rdkit import Chem, Dat ...
- RDKit | 基于Fraggle算法评估化合物的相似性
当评估分子相似性时,经常使用基于分子指纹的Tanimoto系数.该方法本身没有问题,但是使"相似"的原因因情况而异,因此存在新的相似性确定方法的空间.Fraggle就是一种特殊的相 ...
- RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间(化学空间)中具有短距离.在这种情况下,"相似性"和"距离"可互换使用.通过选择相距较远的化合物,可以构建各种化合物 ...
- R语言dplyr包数据过滤(filter)基于not in规则实战(not in Filter):基于单数据列not in规则过滤数据行、基于多数据列not in规则过滤数据行
R语言dplyr包数据过滤(filter)基于not in规则实战(not in Filter):基于单数据列not in规则过滤数据行.基于多数据列not in规则过滤数据行 目录
- 理解DDoS防护本质:基于资源较量和规则过滤的智能化系统
本文由 网易云 发布. 随着互联网生态逐渐形成,DDoS防护已经成为互联网企业的刚需要求,网易云安全(易盾)工程师根据DDoS的方方面面,全面总结DDoS的攻防对抗. 1.什么是DDoS DDoS全 ...
- 基于交换芯片的五元组的PCL规则过滤功能
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 基于交换芯片的五元组的PCL规则过滤功能作者: 韩大卫@吉林师范大学2012.12.10Not Approved by Doc ...
最新文章
- ***基础课----***踩点
- 8. Leetcode 26. 删除有序数组中的重复项 (数组-同向双指针-快慢指针)
- Linux之移动复制和删除
- u8 和 char如何转化_EXCEL小知识——如何快速实现文本与数值的互相转化
- 年薪 50w+ 的程序员,是这样写代码的?
- shell脚本学习总结02--数组
- 智能合约的形式化描述、分析和验证
- C语言斐波那契数列的非递归实现
- three.js各种版本的编辑器
- 可以用php做出一个圆锥吗,PS使用渐变工具画一个立体圆锥
- JavaScript 压缩图片
- 几何均数怎样用计算机算,算术均数与几何均数的意义及计算方法
- 数据库增删改查的基本操作和SpringBoot创建
- C++(基础) 每日一题 4.编写一个函数print 打印一个学生的成绩数组,该数组中有5个学生的数据,每个学生的数据包括num,name,scor[3]3门课的成绩。
- 51单片机LED 8*8点阵屏显示图形
- CRM软件的未来发展趋势
- 做程序界中的死神,提升灵力上限
- esaywechat 微信公众号jsapi支付
- 违反开源项目GPL协议,法院判罚了!国内首例
- 帆软10.0连接oracle 12c rac报错问题解决