RDKit | 基于Murcko骨架聚类化合物库
化合物多样性评估
一种方法是使用合适的指纹技术将化合物矢量化并评估他们之间的距离。这种方法经常被使用,但是对于人类很难直观地理解化合物之间的距离。
基于Murcko骨架,分子大致聚集在化合物骨架中,并且每个簇中的顶部化合物都作为候选化合物。此方法非常符合人类的直觉,因此可以预期人将通过查看候选化合物列表来自动缩小化合物的范围。
Murcko骨架
Murcko骨架通过从化合物中去除多余的侧链并仅表达连接它们的“环结构”和“连接子”,可以执行更简单的化合物表达。
基于Murcko骨架聚类化合物库
导入库
import numpy as np
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Ch
RDKit | 基于Murcko骨架聚类化合物库相关推荐
- RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库
Lipinski规则 有机小分子药物设计中,很多小分子候补化合物往往具有很好的in vitro活性,但是一旦进入下一步动物实验的时候,in vivo的药理活性常常得不到很好的结果.往往当出现这种情况的 ...
- RDKit | 基于Ward方法对化合物进行分层聚类
从许多化合物构建结构多样的化合物库: 聚类方法 基于距离的方法 基于分类的方法 使用优化方法的方法 通过使用Ward方法进行聚类从化合物库中选择"各种"化合物,Ward方法是分层聚 ...
- RDKit | 基于随机森林的化合物活性二分类模型
基于随机森林算法的化合物二分类机器学习模型 代码示例 #导入依赖包 import pandas as pd import numpy as np from rdkit import Chem, Dat ...
- RDKit | 基于Fraggle算法评估化合物的相似性
当评估分子相似性时,经常使用基于分子指纹的Tanimoto系数.该方法本身没有问题,但是使"相似"的原因因情况而异,因此存在新的相似性确定方法的空间.Fraggle就是一种特殊的相 ...
- RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间(化学空间)中具有短距离.在这种情况下,"相似性"和"距离"可互换使用.通过选择相距较远的化合物,可以构建各种化合物 ...
- 基于对接化合物库虚拟筛选(Virtual Screening)
基于对接化合物库虚拟筛选(Virtual Screening) 从ZINC数据库中获得BAAA.smi库,把这些化合物用LigPrep模块配体准备完成后,即可进行虚拟筛选:在Tasks中搜索Virtu ...
- RDKit | 基于PCA探索化学空间
基于主成分分析和聚类探索化学空间 PCA :Principal Component Analysis 分析化合物数据库,发现它们之间的共享描述符(物理化学特性). 1. 导入库 import os ...
- J. Med. Chem. | 通过负向设计优化筛选化合物库
今天给大家介绍的是2020年1月在Journal of Medicinal Chemistry上发表的综述"Application of Negative Design To Design ...
- DGL RDKit | 基于GCN的多任务分类模型
DGL 纽约大学.纽约大学上海分校.AWS上海研究院以及AWS MXNet Science Team共同开源了一个面向图神经网络及图机器学习的全新框架,命名为Deep Graph Library(DG ...
最新文章
- 城市列表简称JSON数据
- vue 请求多个api_Vue 创建多人共享博客
- Delphi与c++ 数据类型对照表(从万一的博客园摘录)
- Vue+ECharts的小示例
- 【hihocoder - offer编程练习赛60 C】路径包含问题(LCA,树上倍增)
- LG电子发布旋转双屏5G手机Wing 售价约6800元
- avalon源码分析(转)
- oracle数据库exp权限,exp/imp 权限问题及其知识拓展
- form的get与post方式的区别(转)
- Element UI踩坑记 —— el-table中 formatter 的属性居然失效了
- 价值连城 图灵奖得主Yann LeCun 杨立昆的采访 给AI从业者的建议
- 使用 visio 画软件结构图
- C语言 判断一个数是不是质数(素数)
- esxi7.0 打包网卡驱动
- 解决click事件在移动端操作延迟300ms问题和点击时穿透问题
- Postgresql 配置文件详解
- 程序猿秃顶算工伤吗?
- Blender新手入门试水作品:Low poly版敲击兽
- 云原生IDE:iVX免费的首个通用无代码开发平台
- 卡片消除游戏 java版(代码+讲解)