gff文件_GFF格式说明

。原始定义见

SONG website

gff

是存文本文件，由

tab

键隔开的

列组成，以下是各列的说明：

Column 1: “seqid”

序列的编号，编号的有效字符

[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]

Column 2: “source”

注释信息的来源，比如

”Genescan”

、

”Genbank”

等，可以为空，为空用

”.”

点号代

替

Column 3: “type”

注释信息的类型，比如

Gene

、

cDNA

、

mRNA

等，或者是

对应的编号

Columns 4 & 5: “start” and “end”

开始与结束的位置，注意计数是从

开始的。结束位置不能大于序列的长度

Column 6: “score”

得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的

E-values

值或者基因预测是的

P-values

值。

”.”

表示为空。

Column 7: “strand”

序列的方向，

表示正义链

, -

反义链

, ?

表示未知

Column 8: “phase”

仅对注释类型为

“CDS”

有效，表示起始编码的位置，有效值为

、

。

Column 9: “attributes”

以多个键值对组成的注释信息描述，键与值之间用

”=“

，不同的键值用

”;“

隔开，

一个键可以有多个值，不同值用

”,“

分割。注意如果描述中包括

tab

键以及

”,=;”

，

要用

URL

转义规则进行转义，如

tab

键用

%09

代替。键是区分大小写的，以大

写字母开头的键是预先定义好的，在后面可能被其他注释信息所调用。

预先定义的键包括：



注释信息的编号，在一个

GFF

文件中必须唯一；



Name

注释信息的名称，可以重复；



Alias

别名

gff文件_GFF格式说明相关推荐

gff文件_GFF格式说明 | Public Library of Bioinformatics
gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,比如序列的那里到那里是基因,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多 ...
gff文件_gff/gtf格式
1)gff3及gtf2简介一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析. ...
gff文件_GFF文件格式简介
鉴于代码的排版问题,建议在电脑上阅读本文. 组装得到基因组的序列只是开展基因组研究的第一步,基因的结构是基因组后续功能研究的基石.在NCBI中,除了提供基因组序列外,还提供了基因结构的信息,采用的就是 ...
gff文件_GFF文件格式说明
gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,比如序列的那里到那里是基因,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多 ...
gff文件_GFF3格式介绍 | Public Library of Bioinformatics
GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可 ...
gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并
gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并使用: (1)gffread 安装: conda install gffread -y 使用: mkdir gtf# 格 ...
AGAT|GTF/GFF文件处理工具
AGAT AGAT是Another Gff Analysis Toolkit的缩写, 是一个用于处理GTF/GFF文件的工具.AGAT 有检查.修复.填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息(特 ...
gtf与gff3文件【格式】【转换】
GFF3 官方 General Feature Format Version 3 存储序列结构信息的一种数据格式.序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件. GFF每一行 ...
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式.在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed.bed12. ...

gff文件_GFF格式说明

gff文件_GFF格式说明相关推荐

最新文章

热门文章