gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并
gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并
使用：
（1）gffread
安装：
conda install gffread -y
使用：
mkdir gtf# 格式转换gffread test.gff -T -o ./gtf/test.gtfcat *.fa >hg19.fa#根据hg19.fa提取CDS序列gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa#翻译后蛋白序列gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa#获得外显子序列gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -w exons.fa
（2）gffcompare
安装：
conda install -c bioconda gffcompare
使用：
#合并多个样本的gff文件vim list.txt
在txt文档里写入每个样本的gff文件所在路径（要换行，如下图）
gffcompare -r 参考.gtf -R -G -o merge(输出前缀名) -i list.txt
gffcompare -r 参考.gtf -R -G -o merge(输出前缀名) -i list.txt
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