fsl线性配准介绍+核磁共振影像数据处理
fsl线性配准介绍+核磁共振影像数据处理
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fsl线性配准介绍
基本概念
标准空间、结构空间、功能空间
空间变换（SpatialTransformations）
类比：在中国，你的名字是张三，大家给你起了个可爱的昵称叫“三狗子”。在美国，大家可能叫你“san”，或者你有一个英文名，叫“Nicholas Zhang”。
自由度
刚体变换（Rigid-Body Transformations）
6个自由度。3转动，3平动。
仿射变换（Affine Transformations）
12个自由度。刚体变换，3缩放，3偏斜(Skews)/剪切(Shears)。
非线性变换（Non-Linear Transformations）
多于12个自由度。
代价函数（Cost Function）
判断配准好坏的标准。
类比：对人的“成功”的评价也是有不同维度的。比如财富值、行政职级、社会声誉度、发表文章的数量、发表文章的影响力等等。不能说哪个标准就是客观的合理的，而应该选择合适的。
fsl flirt中的代价函数
Correlation Ratio（相关比），常用于核磁共振模态之间。
Mutual Information（互信息），常用于不同影像模态之间。
Least Squares（最小二乘法），用于相同模态。
Normalised Correlation（标准化相关），用于相同模态，改变亮度、对比度。
Normalised Mutual Information（标准化互信息），用于不同模态。
插值（Interpolation）
类比：假设我从家到单位步行需要20分钟。那么，步行到达差不多位于家和单位正中间的早餐店需要多少时间呢？
fsl flirt中的插值法
Nearest Neighbour（最近邻），常用于离散化标签影像。
Trilinear（三线性插值），常用，快速，不太准确。
Spline（样条法），较慢，会产生范围外的值。
Sinc
下期预告：fsl线性配准实践。
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