fsl线性配准实践+核磁共振影像数据处理
fsl线性配准实践+核磁共振影像数据处理
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FSL线性配准
FSL界面。
选择FLIRT Linear registration。
二级界面。
Reference image 选择参考影像路径，即要配准到的空间的影像。
Model/DOF(Input to ref) 选择自由度。
Input Image 选择待配准影像路径。
Output Image 填入输出文件路径和文件名。
打开Advanced Options菜单，可进一步选择搜索方法，代价函数以及差值方法等，具体含义和选择方法见上次内容。
最后点击“Go”运行。
脚本代码参考：
/usr/local/fsl/bin/flirt -in b0_brain.nii.gz \
-ref MNI152_T1_2mm_brain \
-out b0_brain_reged.nii.gz -omat b0_brain_reged.mat \
-bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 \
-searchry -90 90 -searchrz -90 90 \
-dof 12 -interp trilinear
通过变换矩阵转换
选择Misc→Apple FLIRT transform
二级界面。
Transformation Matrix选择转换文件。
Input Volume(3D or 4D) 选择待转换影像文件。
Reference Volume 选择目标空间的影像文件。
Output Volume 填入输出文件路径和文件名。
打开Advanced Options菜单可选择差值方法等。
最后点击“Go”运行。
脚本代码参考：
/usr/local/fsl/bin/flirt -in adc.nii.gz \
-applyxfm -init b0_brain_reged.mat \
-out adc_transed.nii.gz -paddingsize 0.0 \
-interp trilinear -ref b0_brain_reged.nii.gz
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