RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成

通过从单个分子生成多个结构来研究分子的各种可能构象。

导入库

导入必要的库。应当注意的是，适当的立体结构的产生，所以氢原子是很重要的存在，使用分子对象或从SMILES创建分子，可以使用Chem.AddHs添加氢原子。

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
import py3Dmol
import pandas as pd
print(rdBase.rdkitVersion)

当从SDF读取分子时，设置removeHs = False选项以保留氢原子。

suppl = Chem.SDMolSupplier('platinum_dataset_2017_01.sdf', removeHs=False)
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols) # 4548
mol = mols[0]

顺应性的产生

AllChem.E

RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成相关推荐

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图
化学信息学中有许多网络结构化数据.例如分子,分子相似图和MMP等. Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图. py2cytos ...
RDKit | 基于RDKit(≥2020.09.1)的相似图绘制新方法
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps fr ...
RDKit | 基于RDKit绘制黑白颜色的分子
基于RDKit绘制黑白颜色的分子导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import ...
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
基于RDKit绘制带原子和键的索引.注释和立体化学导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Dra ...
RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
基于RDKit的指定原子或键高亮指定原子或键高亮 HilightChemAtom.py from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMo ...
RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw ...
RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间(化学空间)中具有短距离.在这种情况下,"相似性"和"距离"可互换使用.通过选择相距较远的化合物,可以构建各种化合物 ...
RDKit | 基于RDKit绘制化学反应
基于RDKit绘制化学反应导入库 from rdkit import RDConfig import unittest import random from rdkit import Chem fr ...
RDKit | 基于RDKit可视化脂溶性在溶解度贡献中的应用
尝试了logP,仅使用原子的权重即可可视化. 导入库 import base64 from io import BytesIO import warnings warnings.filterwarni ...

RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成

导入库

顺应性的产生

RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成相关推荐

最新文章

热门文章