单细胞基因可视化之热图改造修饰1

热图不再过多介绍了，参考之前的内容（热图系列大全）。单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。

首选选择基因，将其转化为列表，然后比对到原数据。

markers <- c("ACKR1","RAMP2","SELE","VWF","PECAM1","LUM","COL3A1","DCN","COL1A1","CFD","KRT14","KRT5","S100A2","CSTA","SPRR1B","CD69","CD52","CXCR4","PTPRC","HCST")
markers <- as.data.frame(markers)
markerdata <- ScaleData(scedata, features = as.character(unique(markers$markers)), assay = "RNA")

然后用默认函数绘图。这就是一张很普通的热图，小编发现很多文章中已经不再使用这种热图了，可能作者们都嫌弃颜色太丑。需要进行改造。


DoHeatmap(markerdata,features = as.character(unique(markers$markers)),group.by = "celltype",assay = 'RNA')

图片

首先对热图颜色进行该咋，就在原图基础上，使用ggplot2即可。不仅可以修改热图颜色，上面分组的颜色也可以自定义。色彩可以根据自己文章整体的色条进行调整。

DoHeatmap(markerdata,features = as.character(unique(markers$markers)),group.by = "celltype",assay = 'RNA',group.colors = c("#00BFC4","#AB82FF","#00CD00","#C77CFF"))+scale_fill_gradientn(colors = c("white","grey","firebrick3"))

图片

除了颜色的调整，还可以调整分组的顺序，自定义排序。


markerdata$celltype <- factor(x=markerdata$celltype,levels = c("Endothelial","Fibroblast","Epithelial","Immune","Other"))
DoHeatmap(markerdata,features = as.character(unique(markers$markers)),group.by = "celltype",assay = 'RNA',group.colors = c("#00BFC4","#AB82FF","#00CD00","#C77CFF"))+scale_fill_gradientn(colors = c("white","grey","firebrick3"))

图片

调整之后的热图看起来也更加顺眼了。好了，今天的分享就到这里了，下节我们说说更深入的热图改造，将热图数据导出，用ComplexHeatmap做更加个性化的热图！

更多精彩请关注我的公众号---《KS科研分享与服务》

单细胞基因可视化之热图改造修饰1相关推荐

单细胞基因可视化之UMAP图修饰
更多精彩请至<KS科研分享与服务公众号> 除了之前说过的三种常见单细胞基因可视化方法外,还有一种最常用的就是直接在UMAP或者TSNE降维图上显示表达某基因的细胞,这种方式更加直观,但是只 ...
单细胞基因可视化之小提琴图
完成单细胞定群后,就可以做很多东西了,首先可视化marker基因,这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分,当然,marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化. 小提琴图是其中的一种.S ...
怎么让热图显示基因名_热图怎么做？ | 热图函数pheatmap()
是不是会经常绘制热图?那热图怎么做?先看一眼这个函数的参数,这么多,而且最后还有省略号.那么我们应该怎么合理使用这些参数让你的热图看起来更加高大上呢? pheatmap(mat, color = co ...
单细胞基因个性化作图之气泡图
前面说过了小提琴图的绘制(单细胞基因可视化之小提琴图).这里继续说单细胞基因可视化的方法---气泡图,这是最受欢迎的一种展示基因表达的图了,但凡是单细胞的文章都会出现.这里我们提供的方法不仅仅局限于单 ...
使用Minitab热图可视化的五种热门方法
热图是最近在最新的Minitab统计软件中引入的热门新可视化功能之一.热图可以帮助您可视化许多类别对一个数值的影响,在处理较大的数据集时,热图是查看细节的绝佳选择. Minitab 中的热图的一些主要 ...
卷积神经网络特征图可视化热图可视化
文章目录前言一.可视化特征图二.热力图可视化(图像分类) 总结前言使用pytorch中的钩子将特征图和梯度勾出来,从而达到可视化特征图(featuremap)和可视化热图(heatmap)的 ...
怎么让热图显示基因名_在热图中标注出特定基因名称
原标题:在热图中标注出特定基因名称对于基因的差异表达谱,常用热图作为展示.但有时差异基因可能非常的多,热图中不可能将所有基因的名称标注出来.那么此时不妨选择一些比较重要的基因(比方说p值最显著的那些 ...
16S 物种丰度热图学习
### 1. 关于热图的用途(参考http://www.360doc.com/content/17/0729/17/45848444_675155815.shtml) 以RNA-seq为例,热图可以: ...
热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异
近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是单细胞差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因. ...

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化之热图改造修饰1相关推荐

最新文章

热门文章