怎么让热图显示基因名_在热图中标注出特定基因名称

原标题：在热图中标注出特定基因名称

对于基因的差异表达谱，常用热图作为展示。但有时差异基因可能非常的多，热图中不可能将所有基因的名称标注出来。那么此时不妨选择一些比较重要的基因(比方说p值最显著的那些)，在图中指示它们的位置。

我们来看这篇文献“Transcriptome Profiling of Adipose Tissue Reveals Depot-Specific Metabolic Alterations Among Patients with Colorectal Cancer”中，是怎样展示热图的。文中比较了结直肠癌患者的内脏脂肪组织(VAT)和皮下脂肪组织(SAT)的转录组谱，将差异表达的基因展示为热图。热图整体结构在标注了部分基因后，并未显得凌乱，同时还能告知读者哪些基因是重要的，必要时还可仔细比较它们的表达值，是种不错的表现方法。

文献插图，热图中只标识出重要的基因或蛋白名称

图1，(a)VAT和SAT之间差异表达基因的热图。

准备作图文件

接下来，就让小编带大家了解怎样在R中绘制这种只标识重要基因的热图。

为了绘制这种热图，首先要准备两类数据。

(1)基因表达矩阵，行是基因，列是样本，表达值可以是FPKM或者log转化后的表达值等都可以。

示例文件，基因表达值矩阵

(2)基因名称列表，将待标识的重要基因名称以一排的形式放在一个列表中。

示例文件，重要的少数基因的名称列表

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