Shared Gene Expression Alterations in Schizophrenia and Bipolar Disorder

Expression of cilium-associated genes defines novel molecular subtypes of idiopathic pulmonary fibrosis

A.芯片数据的差异分析主要包括三种方法:

1. 倍数分析方法:倍数变换fold change,单纯的case与control组表达值相比较,对没有重复实验样本的芯片数据,或者双通道数据采用这种方法。

2. 参数法分析(t检验):当t超过根据可信度选择的标准时, 比较的两样本被认为存在着差异。但小样本基因芯片实验会导致不可信的变异估计,此时采用调节性T检验。

3. 非参数分析:由于微阵列数据存在“噪声”干扰而且不满足正态分布假设,用t检验有风险。非参数检验并不要求数据满足特殊分布的假设,所以可使用非参数方法对变量进行筛选。如经验贝叶斯法、芯片显著性分析SAM法。

B. 芯片数据的差异分析的常用软件包括:

1. Limma:它是一个功能比较全的包,既含有cDNA芯片的RAW data输入、前处理(归一化)功能,同时也有差异化基因分析的“线性”算法(limma: Linear Models for Microarray Data),特别是对于“多因素实验(multifactor designed experiment)”。limma包的可扩展性非常强,单通道(one channel)或者双通道(tow channel)数据都可以分析差异基因,甚至也包括了定量PCR和RNA-seq。

2. DESeq2EdgeR: 都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型。

3. GFOLD软件:对于有生物学重复的数据(一般的转录组数据都会有生物学重复),我们一般采用一个叫edgeR和DEseq的R包。但如果预先测了一批数据没有重复的数据进行一个预分析。这时候edgeR依然可以用,不过需要认为指定一个dispersion值,这样的不同的人就可以有不同的结果,在查阅了很多资料之后呢,大家一致认为没有重复的转录组数据应该用GFOLD软件。

芯片数据的差异分析主要包括三种方法 ANCOVA进行差异分析 为何不用deseq2相关推荐

  1. DataTable数据批量写入数据库三种方法比较

    DataTable数据批量写入数据库三种方法比较 标签: it 分类: C# 1)   insert循环插入: 2)   sqldataadapter.update(dataset,tablename ...

  2. TCGA数据库的利用(三)—做差异分析的三种方法

    今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章,在对TCGA数据进行挖掘时,通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因,作为后续研究的对象,这个筛选过程叫做差异分析:本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍 ...

  3. 监控器sd卡初始化怎么恢复数据?有这三种方法可尝试

    sd卡监控器数据能恢复吗?监控器sd卡初始化怎么恢复数据?如果您的监控器sd卡被初始化(格式化)导致数据丢失,建议立即停止使用sd卡,因为如果您继续使用sd卡,它可能会覆盖您要恢复的数据,导致无法恢复 ...

  4. [转]asp.net导出数据到Excel的三种方法

    原文出处:asp.net导出数据到Excel的几种方法(1/3) .asp.net导出数据到Excel的几种方法(2/3).asp.net导出数据到Excel的几种方法(3/3) asp.net导出到 ...

  5. 电脑数据怎么恢复?三种方法值得一试

    电脑数据怎么恢复?我们大多数时候都会用电脑作为我们的最主要的办公工具,那么作为我们一直在使用的办公工具,我们一定会出现一些问题,如果电脑不小心出现了数据丢失的情况,我们该怎么找回呢?以下几种方法我推荐 ...

  6. C++中访问类的私有数据成员的第三种方法

    我们知道,C++的类是有封装性的,那么对于私有数据成员我们如果想在类外访问,一般而言无外乎这么两种方法: 1.通过公有的成员函数 2.通过友元 这是两种通常的做法,还有一种是比较"反常&qu ...

  7. iphone传输 android,安卓苹果数据互传,三种方法教你怎样把iPhone数据迁移到安卓手机...

    下面来看看这两大利器的操作方法: iphone数据迁移到安卓手机用i换机大师迁移备忘录: 如果你的新手机是EMUI 9.0之前的系统:备忘录的存放地址在:"文件管理文件夹>内部存储&g ...

  8. 模型评价 - 判断数据模型拟合效果的三种方法

    数据建模的目的就是获得从自变量映射到因变量的函数,在建模的探索过程中,不同的方式总会得出不同的函数模型,而这些函数大多是由一些参数构成的,比如 y = f( x; w0, w1, w2, w3, .. ...

  9. java数据输入的步骤_Java学习日志1.4 Scanner 数据输入的三种方法

    Scanner sc = new Scanner(System.in); /注意in 是InputStream的缩写,是字节输入流的意思. 整句话的含义就是: new 一个对象,接受从键盘输入的数据, ...

最新文章

  1. (转)Linux 下 查看以及修改文件权限
  2. SQL Server:OA权限管理设计的实现 下
  3. python3生成随机数_Python3.3中如何产生伪随机数
  4. EFCore3.1+编写自定义的EF.Functions扩展方法
  5. python 除法取模_跟我一起学python | 探究05
  6. ubuntu下定时执行工具cron开启关闭重启
  7. dubbo+zookeeper管理控制台搭建
  8. (02)Verilog HDL模块
  9. 计算机软件领域经典图书推荐
  10. neovim安装dein.vim
  11. Electron实现桌面日历
  12. 诗经名句(供大家看代码疲劳的时候消遣下)
  13. oracle recover database,【Oracle】探究recover database until scn
  14. 我的 Hadoop 3.2.2 之旅 【收藏夹吃灰系列】
  15. PreparedStatement.addbatch()的使用
  16. 数据分析:帕累托法则分析菜品盈利
  17. 【SDCC讲师专访】Swoole开源项目创始人韩天峰:PHP是最好的编程语言
  18. 金行健:市值缩水3000亿 中国中免过山车
  19. 【数据结构应用】航空客运订票系统
  20. HDU-4510-日期

热门文章

  1. 【2020.11.13 八上】期中总结~~
  2. 领存技术发布军工级R-SATA一键自毁固态硬盘
  3. 麒麟710和鸿蒙os,鸿蒙OS或将支持麒麟710及以后机型 严控应用推送,确保系统纯净...
  4. roary数据输入,参数设置,结果文件
  5. Eclipse Java 安装教程
  6. 科创西安:秦创原·鸿蒙生态人才培养发展论坛成功举行
  7. 经典推荐算法(基于内容的推荐算法)
  8. 第四届“蓝桥杯”全国软件专业人才设计与创业大赛选拔赛C/C++本科A组(题目及代码)
  9. 为使在本计算机系统中开发的硬,计算机应用基础统考题库新网考计算机应用基础真题...
  10. java 容器的嵌套_嵌套容器 —— 在 Podman 容器内构建并运行 Buildah