Ubuntu 20.04 服务器安装 R / RStudio / RStudio Server
记录:笔者是一名计算机菜鸟,但是最近在一位同济老师的指导下进行一个生信相关的项目(单细胞水平的基因表型分类相关),原本是在本地的电脑上进行,但复现一篇NC上的文章代码,发现一个case竟然吃那么大的内存,因此从本地的台式机上转而想在Ubuntu服务器中安装R,可以拥有更大内存的CPU。而这篇文章是记录自己学习R的第一篇记录,主要描述如何在学校的服务器- Ubuntu 20.04 上安装 R / RStudio / RStudio Server,也鼓励自己认真学习。
1. R / RStudio / RStudio Server 简单理解
R: R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具[^1],另外生信分析中常常使用R。
RStudio:RStudio是R的集成开发环境,界面更加丰富实用,使用起来更加方便。
RStudio Server:RStudio Server是网页版的RStudio,它的灵活性更强,在部署在远程服务器上后,可在本地计算机上通过浏览器随时随地完成R语言的工作。
2. Ubuntu 20.04 安装 R
R官网 https://www.r-project.org/
点击 download R 进入下载界面
选择Ubuntu中的源镜像,我选择的是下拉->中科大的源镜像 China https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ (稍后步骤中有Ubuntu更改源镜像的方法)
选择 Download R for Linux (Ubuntu)
本页面看的不太理解,但页面中 see the full README 似乎介绍了不同Ubuntu版本下载R的方法略有不同,而我的服务器是Ubuntu 20.04,因此需要选择Focal Fossa的。接下来,将按照几个步骤安装R
添加GPG密钥(关于GPG密钥我并不了解,但根据网上的相关博客给出的代码直接运行便没有问题,之后要将该内容认真了解)
-sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
根据 see the full README 中介绍,需要在
/etc/apt/sources.list
路径文件中添加一条语句,因为服务器为Ubuntu 20.04版本,所以页面中已经注明了选择Focal Fossa类型的语句deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
,网上相关博客和资料有很多种打开文件以及添加语句的方法,以下列出两种(我使用了第一种),任选其一进行添加即可:
方法一:
手动打开source.list文件添加(我使用的中科大源)sudo vi /etc/apt/sources.list
(手动打开source.list文件)- 在文件最末尾手动添加:
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
,然后使用Esc :wq
保存及退出(因为镜像源已经换为中科大源,所以这条语句做了修改)
方法二:
运行脚本自动更换source.list文件中镜像源和在文件中自动添加语句(我使用的中科大源)sodu sed -i 's/\/\/.*\/ubuntu/\/\/mirrors.ustc.edu.cn\/ubuntu/g' /etc/apt/sources.list
(改变镜像源)sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
(这里直接自动添加了官方给的语句,我没有尝试和更多了解,应该是也可以的)
换源和添加语句之后,运行脚本
sudo apt-get update
对source.list文件进行一次更新接着运行两条安装脚本:
-sudo apt-get install r-base
-sudo apt-get install r-base
安装成功,在终端输入
R
测试得到以下界面便可以啦:
总结,GPG密钥->source.list文件添加源及对应语句->sudo apt-get update进行更新->执行安装脚本
3. Ubuntu 20.04 安装 RStudio(Desktop)
- 在R安装成功的基础上,安装RStudio将简单的多。这部分说的是RStudio (Desktop),即RStudio桌面版(不同于Server)。首先,RStudio官网下载界面https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
- 可以选择免费版(Free)RStudio Desktop:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
- 选择Ubuntu 20.04 版本支持的安装文件下载,将下载得到的deb格式文件保存在Ubuntu某个路径下
- 在终端进入deb格式文件路径下执行安装脚本:
sudo apt-get install gdebi-core
(似乎是安装deb文件的一种安装工具)sudo gdebi -n rstudio-2022.02.1-461-amd64.deb
(对应刚刚下载的deb文件)
注,如果服务器中没有安装图形操作界面,似乎下载的RStudio Desktop打不开的,所以可以安装下面的RStudio Server,通过在本地电脑上的浏览器访问Ubuntu服务器里面的RStudio Server进行各种操作实验
4. Ubuntu 20.04 安装 RStudio Server
在上面的基础上,安装RStudio Server将非常简单的多。这部分说的是RStudio Server,同样,在下载界面https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download,我选择了免费版(Free)
选择Debian/Ubuntu系统支持的版本:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/debian-ubuntu/
官网的页面中给出了具体的安装命令,直接执行即可:
sudo apt-get install gdebi-core
(已安装可忽略)wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.deb
(通过网络下载的Server版本的deb文件)sudo gdebi rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.deb
(执行安装命令)
安装成功Server版本后可以通过本地电脑的浏览器进行访问:
- 打开浏览器,地址栏输入:
http://你的Ubuntu服务器ip:8787
(8787 为Rstudio Server 默认的兼听端口,可以自己配置) - 正常打开后需要输入用户名密码,用户名密码为Ubuntu服务器用户名密码
- 打开浏览器,地址栏输入:
浏览器进入界面显示(进入后实验操作和Desktop版本一样):
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