如果实在不想安装，可以使用docker。

Docker-rstudiohttps://hub.docker.com/r/rocker/rstudio/tags

使用文档见：Rocker Project - rstudio, tidyverse, verse, geospatial

docker pull rocker/rstudio:4.2

可以使用：

docker run -d -e PASSWORD=123456 -e ROOT=true -p 8787:8787 -v 宿主机绝对路径:/home/rstudio/ --privileged=true --name=Rprojects rocker/rstudio:4.2

1. 安装R和Rstudio

首先安装一些依赖，尽量一个一个装（注，这些依赖都是我自己安装其它包时需要的依赖，其它需求不保证可以满足），

sudo apt install -y curl
sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev
sudo apt install -y libxml2-dev
sudo apt install -y libssl-dev
sudo apt install -y libmariadb-dev
sudo apt install -y libcurl4-openssl-dev
sudo apt install -y libgsl0ldbl
sudo apt install -y gsl-bin libgsl0-dev
sudo apt install -y build-essential
sudo apt install -y liblapack-dev libopenblas-dev
sudo apt install -y libfontconfig1-dev
sudo apt install -y libblas-dev
sudo apt install -y zlib1g-dev
sudo apt install -y libboost-all-dev
sudo apt install -y libbz2-dev
sudo apt install -y liblzma-dev

再按照官网的方式安装R：

# update indices
sudo apt update -qq
# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

sudo apt install --no-install-recommends r-base

然后再下载Rstudio：

RStudio Desktop - Posit

进入Rstudio的下载目录，在此处打开终端，安装Rstudio：

sudo dpkg -i rstudio-2022.07.2-576-amd64.deb

如果出现错误（一般会出现错误），就安装依赖：

sudo apt-get install -f

然后再重新安装Rstudio：

sudo dpkg -i rstudio-2022.07.2-576-amd64.deb

这样，R和Rstudio就都安装好了。

安装好后，在终端输入R：

再输入：

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

这样，就修改了R的源为清华源。

打开Rstudio，把源也修改成清华源。至此，软件安装完成。

2. 安装R包

按照官网Bioconductor - Install的指示，在Rstudio中安装Bioconductor：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.16")

安装好后，再安装自己想要的包：

install.packages("xxx")
BiocManager::install("xxx")

如果安装过程中出错（一般情况下一定会出错），需要仔细查看安装log，报错类型有很多：

1.package ‘xxx’ was installed before R 4.0.0: please re-install it.

就去R中执行（两个方式有一个应该是可以完成安装的）：

install.packages("xxx")
# 或者
BiocManager::install("xxx")

2. installation of package ‘xxx’ had non-zero exit status

这句话翻译过来就是：xxx包安装失败。这时需要查看安装log，如果安装log中出现系统依赖错误，并且给出了相应的提示，就进入到终端安装相应的依赖。比如下面的报错，就显示很多包had non-zero exit status，这时就需要往上找，找到第一个报错的地方，这里是fatal error: lzma.h: No such file or directory。这种错误一般就是系统缺少某些库，直接去百度搜索“fatal error: lzma.h: No such file or directory”，找到其它人的解决方法，去终端apt install 相应的库就可以了：

3. Installation paths not writeable, unable to update packages

这个更简单，这是因为没有写权限，直接在终端中输入：

sudo su
# 输入密码
passward:
# 进入R
R
# 重新安装相应的包
install.packages("xxx")

4. package ‘DESeq2’ is not available for this version of R

这个问题是因为你使用了install.packages('DESeq2')安装，而DESeq2需要使用bioconductor进行安装，使用：

BiocManager::install('DESeq2')

就可以正常安装了。

5. 使用fitPLM()时出现：Error in fitPLM(Data) : ERROR; return code from pthread_create() is 22

这个错误的原因，解决方式如下

1. 强制禁用threading

BiocManager::install("preprocessCore", configure.args="--disable-threading", force = TRUE)

2. 重启R session

就可以了。

6. 安装过程有明确解决方案

比如在安装过程中出现缺少某个程序：

然后就是一顿报错。这时其实已经给出了解决方案：

sudo apt install cmake