使用SUIT进行小脑体积分割与皮层计算

1.SUIT软件安装

在官网下载软件包后解压，然后把解压包放进SPM12 toolbox 内，并把文件名更改为suit，即可在spm软件的toolbox内打开软件。
软件下载地址：官网地址SUIT3.5
本次演示所采用的软件是SUIT3.3版本，Windows10，SPM12环境。最新版运行或许会出现部分不兼容问题。

2.简单使用

2.1进行isolation之前先进行图像原点矫正、确定图像的扫描方向是否为LPI、以及图像分辨率。
可以使用下面代码进行自动原点矫正（即使中心的位于前后联合位置）。

function auto_reorient(p)
if ~nargin
[p,sts] = spm_select(Inf,'image');
if ~sts, return; end
end
p = cellstr(p);
vg = spm_vol(fullfile(spm('Dir'),'canonical','avg152T1.nii'));
tmp = [tempname '.nii'];
for i=1:numel(p)
spm_smooth(p{i},tmp,[12 12 12]);
vf = spm_vol(tmp);
M = spm_affreg(vg,vf,struct('regtype','rigid'));
[u,s,v] = svd(M(1:3,1:3));
M(1:3,1:3) = u*v';
N = nifti(p{i});
N.mat = M*N.mat;
create(N);
end
spm_unlink(tmp);

可以保存为.m文件后，拉到spm软件后使用。

2.2使用下面代码进行方向和分辨率矫正。

%%SUIT软件批量修改分辨率和朝向
voxsiz = [1 1 1]; % new voxel size {mm}
V = spm_select([1 Inf],'image');
V = spm_vol(V);
for i=1:numel(V)
bb = spm_get_bbox(V(i));
VV(1:2) = V(i);
VV(1).mat = spm_matrix([bb(1,:) 0 0 0 voxsiz])*spm_matrix([-1 -1 -1]);
VV(1).dim = ceil(VV(1).mat \ [bb(2,:) 1]' - 0.1)';
VV(1).dim = VV(1).dim(1:3);
spm_reslice(VV,struct('mean',false,'which',1,'interp',0)); % 1 for linear
end

使用方法同上。

2.3使用基本流程

（1）Segmentation & Isolation
在gui界面或者command面板输入suit_isolate_seg({'E:\data\data\T1\T1.nii'})后开始进行分割。

此处输入文件为rT1，即经过原点矫正、方向及分辨率矫正后的文件，如果不做这一步，会出现分割空白文件错误。
分割结束后，得到的结果文件：

T1：3D-T1结构文件
rT1:进行了原点矫正，reoritation及更改分辨率后的文件。
c_rT1:进行了分割后的文件，只剩下小脑及脑干。
c_rT1_pcereb:小脑及脑干mask
rT1_seg1:小脑灰质mask
rT1_seg2:小脑白质mask

c_rT1灰色部分
c_rT1_pcereb红色部分
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rT1_seg1:小脑灰质mask，红色部分
rT1_seg2:小脑白质mask，蓝色部分（包含了脑干）
（2）Normalization using Dartel

normalization后得到的结果文件如下：

（3）Reslicing into atlas space(Dartel) 将数据重采样到SUIT(atlas)空间

输出文件：转换到标准空间（SUIT空间）的小脑灰质图像。

（4）Lobuli-ROI analysis with atlas

输出文件：
region和regionname分别代表第几个脑区及相对应的脑区的名字
size代表每个被试在28个小脑ROI上的平均灰质体积（这里的数值是小数，表示的是灰质体积比例）