circAnno:环状RNA注释工具

2024-05-12 22:42:31

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在利用RNA_seq数据预测环状RNA时，大多数情况下只能够得到环状RNA的基因组位置，包括头尾的染色体位置，正负链等信息，而没有环状RNA对应的来源基因，序列等信息，这些信息都需要我们通过和已有的线性RNA的数据比对得到，这一步在分析中称之为环状RNA的注释。

对于环状RNA注释，不同团队有不同的做法，核心就是利用环状RNA的基因组位置和已知的转录本去比较，确定是否和已知转录本有重叠，从而确定来源基因和对应的转录本。

在starBase数据库中，提供了一系列环状RNA注释工具，网址如下

http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/circTools.php

其中circSeeker和circAnno就是用来进行环状RNA注释的工具

circAnno需要两个输入文件，一个为环状RNA对应的bed格式的文件，另外一个为线性RNA对应的bed12格式的文件，以circBase数据库中的环状RNA为例来看下这个软件的具体用法。

1. 从circBase下载环状RNA数据

wget http://www.circbase.org/download/hsa_hg19_circRNA.bed
cut -f1-6 hsa_hg19_circRNA.bed > circRNA.bed6

2. 从UCSC下载refseq转录本数据

利用table browser进行下载，图示如下

3. 运行注释

circAnno hg19.bed12.txt circRNA.bed6 > annotation.xls

输出结果内容如下

前六列的内容就是环状RNA的bed文件内容，只不过在第四列的基础上增加了转录本注释信息，match表示和转录本的exon完全匹配，overlap表示重叠，intergenic代表是基因间区。最后三列分别代表重叠区域的外显子个数，外显子长度和外显子的起始位置，和bed12文件中的内容一致。

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