该笔记为斯坦福大学Kristin教授为其校内研究生及学者提供的具有CME学分的高品质课程《Writing in the Sciences》的个人学习记录，希望可以相互学习，共同进步。

文章目录

  • 5.1 Tables and Figures
    • Small and realistic goals
    • 图表的制作
  • 5.2 Results
    • results不等于raw data
    • Tips for writing results
  • 5.3 Pracice writing results
  • 5.4 Methods
    • materials and methods
    • Including
    • Tips on writing
  • 5.5 Introduction
    • Follow a fairly standard format
    • Tips on writing
  • 5.6 Introduction practice
  • 5.7 Discussion
    • Follow rules
    • One way of organizing the discussion
    • Tips on writing！
  • 5.8 Abstract
    • Overview of the main story
    • Give highlights from each section of the paper
    • Limited length. 字数限制，通常100-300词
    • Stands on its own 独立存在，类似表格和数字一样
    • Most often, the only part people read
    • INCLUDE
    • Abstracts may be structured(with subheadings or free-form) 摘要有两种形式：结构化形式（带标题）/ 自由形式

【图示版】总结可直接看图

【文字版】

5.1 Tables and Figures

Small and realistic goals

每天指定一个小目标，积少成多

  • 写第一篇论文，将文章拆分成若干个部分，然后每天拿着相关的文献去完成一个设定好的模块，最后在进行整理
  • 建议书写顺序：
  1. Tables and Figures
  2. Results
  3. Methods
  4. Introduction
  5. Discussion
  6. Abstract

图表的制作

  • 审稿人和编辑一般看完摘要后会跳到图表，因此图表是直观地、权威地表达的想法，是你故事的基础，所以要有一套精美的图表

  • 图表必须能够独立存在，不需要为了理解图表而去参考原文，即缩略词、实验细节需要重新定义

  • 每个图表都是讲述一个故事（有一个明确的目的），且有延续性，需要详细地描绘

  • Tips on Tables and Figures

    • 用所需最少的图表去讲述故事，简明扼要，能直观地用一张图就不要用三张
    • 图和表格的数据不要重复表达
    • Figures：
      Visual impact
      Show trends and patterns
      Tell a quick story
      Tell the whole stroy
      Highlight a particular result
    • Tables:
      Give precise values
      Display many values/ variables

  • Table

    • Table Title

      • 标题应该是一个故事的梗概
      • 具有文章同样的关键词（保持一致）
      • 简洁

    • Table Footnots

      • 表格也有脚注，不同期刊可能格式不同，用什么样的符号
      • 脚注可以用来表示统计上的显著差异
      • 脚注可以用来解释实验细节和缩略词

    • Table Formats

      • 根据期刊要求来，不要猜测，不要试图重新发明，去找模板或者同期刊已发表的论文格式
      • 投稿时修改好会给编辑留下好印象
      • 多数为三线图：列标题上方，列标题下方，实验数据下方
      • 表格中的数字要有一致性，如小数点个数、大小写统一，使用合理的单位和文字对齐
      • 表格中要去掉多余、可省去的列

  • Figure

    • Types of Figures

      • Primary evidence 基础图像，如电镜图，照片等等 “Seeing is believing”
      • Graphs 绘制图形，折线图 散点图 柱状图 等等
      • Drawings and diagrams 绘画和图解，演示流程、因果关系、模型或者其他看不到的东西（如粒子等）

    • Figure Legend

      • 图例简短
      • 实验细节丰富
      • 可以使用图例来定义符号/线条/图案
      • 可以使用explanation of panels（A,B,C,D,etc.）
      • 提供统计信息（比如使用了什么测试，数据从哪来）

    • Graphs

      • line graphs 折线图

        • 显示数据随时间（年龄或剂量）的变化而产生一定趋势

      • bar graphs 条形图

        • 用于比较一个时间点或一个剂量的组，直观易于理解，读者不需要去读图例就能明白

      • scatter plots 散点图

        • 显示两个变量之间的联系，通常为连续变量或数值变量
          能展示所有数据点，提供更多的信息
          散点图中加趋势线可能会产生误导，可加入一定数字来补充信息

      • individual-value graphs 单值条形图

      • histograms 柱状图

      • box plots 方框图

      • survival curves 生存曲线

      • Tips for graphs

        • tell a quick visual sotry
        • keep it simple
        • make it easy to distinguish groups
        • if it’s too complex, maybe it belongs in a table

      • Diagrams and Drawing

        • 图解和绘画，用动画的形式展示那些难以用文字表达的内容，图解能直观地说明变量之间存在的相互作用

  • Movies

5.2 Results

results不等于raw data

  • Results should summarize what the data show

    • 指出图表和研究内容之间的简单关系
    • 描述整体的趋势
    • 补充说明图表中的数据证明这个关系或趋势

  • 不要简单重复堆叠图表已经展示过的数据，少量展示很重要，或通过文中数据比较得出新数据，应有更深层次的表达

Tips for writing results

  • break into subsections, with headings (if needed)分成具有信息性标题的子小节

  • complement the information that is already in tables and figures
    补充图表中已有的信息

    • 给出图表中没有的更精确的数据
    • 报告图表中数据的百分比变化或差异

  • Repeat/highlight only the most important numbers
    重复/强调最重要的数字

  • Don‘t forget to talk about negative and control results
    阴性结果和控制组也很重要

  • Reserve the term “significant” for statistically significant

  • Reserve information about what you did for the methods section
    不要把reslut和method混淆
    results: what you found
    method: what you did

  • Reserve comments on the meaning of your results for the discussion section
    不要把results和discussion混淆
    results: what your data show. 侧重basic findings
    method: what your data mean. 侧重对这些findings的解释

  • What verb tense do I use?

    • 讨论已完成的行动：如实验和分析（已在过去完成），用过去时态
      eg. we found that…；The average reaction time was…; Women were more likely to…
    • 表示会持续的行为时，如表格、数据所示（它现在仍然存在），用现在时态
      eg. Figure 1 shows…; the finding confirm…; the data suggest …; we believe…

  • Use the active voice！
    使用主动语态

    • more lively！
    • 除了we作为主语，还有很多的选择：the study participants, the experimental outputs, the data models and so on

5.3 Pracice writing results

5.4 Methods

materials and methods

  • give a clear overview of what was done 概述所做的工作

  • give enough information to replicate the study(like a recipe!) 足够的信息可以让他人复现工作

  • be complete, but make life easy for your reader!

    • break into smaller sections with subheadings
      分成带有子标题的小节
    • cite a reference for commonly used methods
      引用常用方法的参考文献
    • display in a flow diagram or table where possible
      展示有效的图表,如流程图

  • use jargon and the passive voice more liberally in the methods section 可以使用专业术语(缩略词)和被动语态

Including

  • 材料，提供材料信息

    • 如药物、缓冲剂、化学品、气体、试剂（数据集）等
      给出细节，如药品温度、成分、性能、剂量（数据集的尺寸、数量）等等

  • 参与者，主体（如果涉及到动物或人类等，需注明已获得相关机构的道德委员会的批准）

  • 实验方法设计

    • 清楚的概述你的工作

  • 测量

    • 如何测量自变量、因变量，实验环境、仪器、设备等等

  • 分析

    • 做了什么分析

Tips on writing

  • verb tense

    • report methods in past tense. eg. “we measured”,“we analyzed”
    • use present tense to describe how data are presented in the paper.
      eg. “data are summarized as means…”

  • it’s OK to use passive voice or to use a combination

5.5 Introduction

Follow a fairly standard format

  • 通常2到5段，典型为3

    • 引言不是越长越好，花费很多精力去收集和整理资料，但不是要把所有细节都展示出来，引言部分的重点是你研究的特定问题、假设以及研究目的，围绕这个特定问题来形成整个引言部分

  • example
    比如要写乳腺癌与吸烟之间相关性的论文

    • 不写乳腺癌或吸烟单独的背景资料
      不提及仅仅吸烟危害性或只是有关乳腺癌和其危害性的文章
      主讲内容集中在吸烟与乳腺癌之间的潜在关系，并提到先前的研究

      1. 介绍已经信息（What known）
      • 背景引入，建立乳腺癌和吸烟之间的联系
      1. 指出先前研究的差异性和局限性（What unknown）
      • 如先前研究有什么局限，为何导致我们仍不能确定吸烟能否导致乳腺癌
      1. 缩小范围，阐述你的假设，问题或目的
        （Your burning question/hypothesis/aim）
      • 对自己要讲述的问题进行有目的的陈述
        we hypothesize that , we wanted to answer the question of , we aimed to
      1. 略微讲述你的实验方法
        （Your experimental approach）
      • 你的方法如何与众不同，推陈出新，比先前研究更有价值
      1. 讲述你的研究如何解决先前研究遗留的差异性或局限性
        （why your approach is new and different and important (fills in the gap)）
      • 你的研究是新的，有效的且重要的方法，填补了空白

Tips on writing

  • Keep paragraphs short (crisp and short)

  • wirte for a general audience 考虑广泛的读者

    • clear,concise,non-technical

  • take the reader step by step from what is known to what is un known. End with your specific question

    • known --> unknown --> question/hypothesis

  • emphasize how your study fills in the gaps(unknown)

  • explicitly state your research question/aim/hypothesis 有明确的陈述（指向性句子）

    • we asked that , we hypothesize that, our aims were…

  • Do not answer the research question (no results or implications) 引言不包含结果或启示，只需设定研究问题

  • Summarize at a high level! Leave detailed descriptions, speculations, and criticisms of particular studies for the discussion.

    • 对先前文献进行高度总结（存在哪些问题），意味着你了解每一项研究进展及细节，如A做了什么研究，但其存在那些缺陷，要继续解决

5.6 Introduction practice

5.7 Discussion

Follow rules

  • Invert the cone 反过来的圆锥结构
  • Answer the question asked. 先回答问题，说明你的研究结果如何与文献背景想吻合
  • Support your conclusion. 数据支持你的结果（用自己的数据或他人文献中的结果）
  • Defend your conclusion (anticipate criticisms). 阐明结论中的局限性部分，预料可能会提出的批评，充分解释、辩护结果可行性
  • Give the “big-picture” take-home mssage. 接下来扩大范围，给出研究的宏观意义。即研究结果不得不研究的、一定要研究的、没有不行的实际意义
    what do your results mean and why should anyone care?

One way of organizing the discussion

  • Key finding (answer to the questions asked in Intro.)

    • Start with： “WE FOUND THAT…”(or something similar)
    • Explain what the data mean (big-picture!) 从更高的层次上解释数据以为着什么
    • Start if the findings are novel. 结果是否新颖、创新？

  • Key secondary findings

    • 除主要发现以外的有趣的次要发现，尽可能用主动句型

  • Context

    • Give possible mechanisms or pathways
    • Compare your results with other people‘s results
    • Discuss how your findings support or challenge the paradigm

  • Strengths and limitations
    延展优势和局限性

    • Anticipate questions/criticisms.
    • Explain why your results are robust

  • What’s next

    • Recommended confirmatory studies.
    • Point out unanswered questions and future directions

  • The “so what?”: Implicate, speculate, recommend
    启示、推测或者推荐

    • Give the big-picture implications of basic science findings
    • Tell readers why they should care

  • Strong conclusion
    指向性总结句（关键结论）

    • Restate your main finding
    • Give a final take-home message

Tips on writing！

  • Showcase good writing！

    • Use active voice 用主动语态
    • Tell it like a story 讲故事，有头有尾，有承接，有深度

  • Start and end with the main finding

    • 以主要发现作为开始，也以此作为结尾，收尾呼应，在这里重复是OK的
      “We found that…”

  • Dont’t travel too far from your data

    • 可以进行一些延伸、启示或推测，但注意不要在数据之外延伸得太远。确保告诉了读者你的实际发现，而不是你期望得到的发现
    • 不要讨论没有数据支持的观点

  • Focus on the limitations that matter, not generic limitations

    • 考虑研究可能存在的问题，并详细解释、举证说明存在的原因，增加读者的信赖！

  • Make sure your take-home message is clear and consisitent

    • 确保数据得出的结论清晰且与关键信息主题一致

  • Verb tense
    与Intro类似

    • 过去式：提到已经完成的，研究细节、结果、分析和背景研究时

      • We found that…
      • Subjects may have experienced…
      • Miller et al. found…

    • 现在时：解释数据含义

      • The greater weight loss suggests
      • The explanation for this difference is not clear.
      • Potential explanations include

5.8 Abstract

Overview of the main story

Give highlights from each section of the paper

Limited length. 字数限制，通常100-300词

Stands on its own 独立存在，类似表格和数字一样

Most often, the only part people read

INCLUDE

  1. Background. 一句话交代背景，阐释研究重要性
  2. Question/aim/hypothesis. 陈述研究问题和目的，we asked that/we hypothesized that 如引言部分
  3. Experiments. 实验部分的简短概述，提出方法中的片段并精简凝练
  4. Results. 实验结果，关键结果和重要实验数据，不需要太多
  5. Conclusion. 得出简要结论，回答2中的问题或假设，给出关键信息
  6. Implication,speculation, or recommendation. 重要启示、推测和建议，告诉读者我为什么要做这个

Abstracts may be structured(with subheadings or free-form) 摘要有两种形式：结构化形式（带标题）/ 自由形式

【Note】（本研究领域针对自由形式）

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