Rosalind第68题：Counting Optimal Alignments

2024-05-23 06:07:52

Problem

Recall from “Edit Distance Alignment” that if and are the augmented strings corresponding to an alignment of strings and , then the edit alignment score of and was given by the Hamming distance (because and have the same length and already include gap symbols to denote insertions/deletions).

As a result, we obtain , where the minimum is taken over all alignments of and . Strings and achieving this minimum correspond to an optimal alignment with respect to edit alignment score.

Given: Two protein strings and in FASTA format, each of length at most 1000 aa.

Return: The total number of optimal alignments of and with respect to edit alignment score, modulo 134,217,727 (227-1).

回想一下“编辑距离对齐”，如果和是对应于字符串对齐的扩展字符串和，那么编辑比对得分的和由汉明距离给出（因为和具有相同的长度，并且已经包括间隔符号以表示插入/删除）。

结果，我们获得，其中最小值用于和。弦乐和达到该最小值对应于关于编辑对齐分数的最佳对齐。

给出：两个蛋白质串和以FASTA格式，每个长度最大为1000aa。

返回值：的最佳比对总数和关于编辑对齐分数，取模134,217,727（2 27 -1）

Sample Dataset

>Rosalind_78
PLEASANTLY
>Rosalind_33
MEANLY

Sample Output

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