Rosalind第八题：将RNA转化成蛋白质

问题

通过使用英文字母中的20个字母（除B，J，O，U，X和Z以外的所有字母）缩写20个常见氨基酸。蛋白质字符串由这20个符号构成。今后，术语“遗传串”将结合蛋白质串，DNA串和RNA串。

的RNA密码子表使然关于特定的密码子编码成氨基酸字母的细节。

给定：一个RNA串对应于mRNA的一个链（长度至多10 kbp的）。

返回值：编码的蛋白质字符串。

样本数据集

AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA

样本输出

MAMAPRTEINSTRING

python解决方案

def translate_rna(sequence):codonTable = {'AUA': 'I', 'AUC': 'I', 'AUU': 'I', 'AUG': 'M','ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACU': 'T','AAC': 'N', 'AAU': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K','AGC': 'S', 'AGU': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R','CUA': 'L', 'CUC': 'L', 'CUG': 'L', 'CUU': 'L','CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCU': 'P','CAC': 'H', 'CAU': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q','CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGU': 'R','GUA': 'V', 'GUC': 'V', 'GUG': 'V', 'GUU': 'V','GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCU': 'A','GAC': 'D', 'GAU': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E','GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGU': 'G','UCA': 'S', 'UCC': 'S', 'UCG': 'S', 'UCU': 'S','UUC': 'F', 'UUU': 'F', 'UUA': 'L', 'UUG': 'L','UAC': 'Y', 'UAU': 'Y', 'UAA': '', 'UAG': '','UGC': 'C', 'UGU': 'C', 'UGA': '', 'UGG': 'W',}proteinsequence = ''for n in range(0, len(sequence), 3):proteinsequence += codonTable[sequence[n:n + 3]]return proteinsequencese = 'AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA'  # sequence or se = open('rosalind_prot.txt').read().strip('\n') #sequence
print(translate_rna(se))

import re
def mRNA_protein(RNA_string):start_code = 'AUG'end_code = ['UAA', 'UAG', 'UGA']protein_table = {'UUU': 'F', 'CUU': 'L', 'AUU': 'I', 'GUU': 'V', \'UUC': 'F', 'CUC': 'L', 'AUC': 'I', 'GUC': 'V', \'UUA': 'L', 'CUA': 'L', 'AUA': 'I', 'GUA': 'V', \'UUG': 'L', 'CUG': 'L', 'AUG': 'M', 'GUG': 'V', \'UCU': 'S', 'CCU': 'P', 'ACU': 'T', 'GCU': 'A', \'UCC': 'S', 'CCC': 'P', 'ACC': 'T', 'GCC': 'A', \'UCA': 'S', 'CCA': 'P', 'ACA': 'T', 'GCA': 'A', \'UCG': 'S', 'CCG': 'P', 'ACG': 'T', 'GCG': 'A', \'UAU': 'Y', 'CAU': 'H', 'AAU': 'N', 'GAU': 'D', \'UAC': 'Y', 'CAC': 'H', 'AAC': 'N', 'GAC': 'D', \'UAA': 'Stop', 'CAA': 'Q', 'AAA': 'K', 'GAA': 'E', \'UAG': 'Stop', 'CAG': 'Q', 'AAG': 'K', 'GAG': 'E', \'UGU': 'C', 'CGU': 'R', 'AGU': 'S', 'GGU': 'G', \'UGC': 'C', 'CGC': 'R', 'AGC': 'S', 'GGC': 'G', \'UGA': 'Stop', 'CGA': 'R', 'AGA': 'R', 'GGA': 'G', \'UGG': 'W', 'CGG': 'R', 'AGG': 'R', 'GGG': 'G'}#找到起始密码子的位置start_sit = re.search(start_code, RNA_string)protein = ''#按阅读框匹配蛋白质for sit in range(start_sit.start(), len(RNA_string), 3):protein = protein + protein_table[RNA_string[sit:sit+3]]return proteinif __name__ == '__main__':RNA_string =  'ACGGGGAUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA'print(mRNA_protein(RNA_string))

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