背景:

在“Finding a Motif in DNA”中,我们在给定的基因串中搜索基序;但是,这个问题假设我们事先知道主题。在实践中, 生物学家通常不知道他们在寻找什么。相反,他们必须 同时搜索几个不同的基因组以识别相似区域 这可能表明不同生物或物种共有的基因。

最简单的相似区域是在从数据库中获取的遗传字符串集合中的每一个中发生的没有突变的基序;这样的主题 对应于所有字符串共享的子字符串。我们想搜索长共享子字符串, 因为较长的基元可能表示更大的共享功能。

https://rosalind.info/problems/lcsm/

问题:

字符串集合的公共子字符串是每个 集合的成员。我们说,如果不存在更长的公共子字符串,则公共子字符串是最长的公共子字符串。例如,“CG”是 “A CG TACGT”和“AACCGTATA”的共同子串,但不是尽可能长; 在这种情况下,“CGTA”是“A CGTA CGT”和“AACCGTATA”的最长公共子字符串。

 给定k个长度不超过1kbp的字符串(FASTA),返回它们最长字符串。

例子:

Input:

>Rosalind_1
GATTACA
>Rosalind_2
TAGACCA
>Rosalind_3
ATACA

output:

AC

代码:

一如既往 暴力解法

from method import fasta
name_list,value_list = fasta('D:/pycharm/Rosalind/Data/rosalind_lcsm_1_dataset.txt')
index_num = 0
length = 10000000
for i in value_list:if len(i)<length:length = len(i)index_num = value_list.index(i)
seq_frag = value_list[index_num]
temp = []
for i in range(len(seq_frag)):for j in range(i+1,len(seq_frag)):temp.append(seq_frag[i:j])
temp=list(set(temp))
temp.append(seq_frag)
temp.sort(key=len,reverse=True)
for i in temp:tag = 0for j in value_list:if i in j:tag+=1if tag == len(value_list):print(i)break

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