(踩坑向+靠谱安装贴记录)ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix,虚拟机
由于不懂电脑,被安装双系统的电脑小哥坑了,啊只给我根目录划了13G存储空间是什么魔鬼
尝试扩容结果ubuntu系统配置文件损坏进不去了,之前好不容易安装好的所有软件都没了,呜呜呜
在实验室小伙伴们倾情安利下,重新安好了虚拟机
0.虚拟机安装ubuntu20.04(双系统请跳过)
参考八分钟完成VMware和ubuntu系统安装_哔哩哔哩_bilibili
安装完以后,调整虚拟机配置
尽量不要放在机械硬盘,会有点卡
设置共享文档这样可以将windows的文档分享给ubuntu
虚拟机的快照功能真的强,可以记录当前环境设置并留着以后还原
大佬为了给我演示快照功能,直接整崩我的ubuntu再快照复原的操作是真的秀到我了hhh
1.Freesurfer
FreeSurfer 安装(Ubuntu20.04)_Hannah不要BBQ的博客-CSDN博客_freesurfer ubuntu安装(这个不是特别详细,不太适合刚接触linux系统的小白)
FreeSurfer的安装及使用(个人踩坑记录)_凊-of的博客-CSDN博客_freesurfer
(这个新手友好)
安装tsch出现问题
运行sudo apt-get install/update/或其他命令时,由于各种说不清的原因有时会出现如下提示:
E: 无法获得锁 /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (11: 资源暂时不可用)
E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), is another process using it?
强制解锁(记得重启)
sudo rm /var/cache/apt/archives/lock
sudo rm /var/lib/dpkg/lock
2.FSL
网上看大家建议是不要用清华和中科大的镜像
注意:FSL安装最好要到指定官网下载 fslinstaller.py ,不要去下载清华或者中科院的镜像,我开始下载的清华镜像,是fsl5.0.8版本,没有fslview、fsleyes等功能,找了半天问题,建议最好就是下载py文件进行编译,这就是最新的fsl安装版本。
参考Ubuntu20.04下MRtrix3, Freesurfer, FSL的安装_yoyoxueli123的博客-CSDN博客_安装mrtrix3
Ubuntu通过python脚本安装FSL_QYD_的博客-CSDN博客_fsl安装(这个非常详细,更适合刚入门,包含了配置环境变量)
配置完以后记得source一下,如果还不行就重启一下终端
3.MRtrix
B站大佬有很详细的安装及使用教程,实验室师兄和小伙伴推荐
MRtrix3-弥散像分析和神经纤维束追踪-01:安装MRtrix3_哔哩哔哩_bilibili
*之前遇到过无法链接到git克隆的问题(我第一遍安装的时候,几乎把所有坑都踩了一遍)
解决方法:输入命令
git config --global url."https://".insteadOf git:// (直接输入这段话就可以,不用去找项目的具体地址)
参考fatal: 无法连接到 github.com_nownow_的博客-CSDN博客
其实就是把http换成git就行了
*还遇到了github拒绝连接的问题
可以尝试一下 sudo apt-get install git
*如果你怎么都连接不上github,无法clone,查找了很多资料发现都没作用
检查一下你有没有挂梯子.....我看到一个博客里面提到网络连接和代理问题,尝试关掉我的梯子,再用git://就能成功clone了
*如果是在make -j 4(安装ANTs时用到)
这些命令中包含了从github克隆的指令,但是又无法链接到github
参考ubuntu 20.04 | 解决 Connecting to raw.githubusercontent.com :443... failed: Connection refused._软耳朵DONG的博客-CSDN博客
修改hosts文件,加一个github.com的ip,就可以了
4.ANTs
LInux环境下ANTs软件安装_The_best_man的博客-CSDN博客
Linux 下Cmake+ITK+ANTs安装配置(Could not find ZLIB)_喜之郎0317的博客-CSDN博客
Linux系统下的ANTs的安装_我都傻了�的博客-CSDN博客_ants安装
参考这几个,但是注意一下先安装make
sudo apt-get install make
然后再./configure才能跑起来
*遇到问题
-- Could NOT find OpenSSL, try to set the path to OpenSSL root folder in the system variable OPENSSL_ROOT_DIR (missing: OPENSSL_CRYPTO_LIBRARY OPENSSL_INCLUDE_DIR)
CMake Error at Utilities/cmcurl/CMakeLists.txt:586 (message):
Could not find OpenSSL. Install an OpenSSL development package or
configure CMake with -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF to build without OpenSSL.
-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/gpu/cmake/cmake-3.23.2/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/gpu/cmake/cmake-3.23.2/CMakeFiles/CMakeError.log".
---------------------------------------------
Error when bootstrapping CMake:
Problem while running initial CMake
解决方法:编译时提示 Could NOT find OpenSSL 的解决方法_Npgw的博客-CSDN博客
安装一下openssl依赖
sudo apt-get install libssl-dev
再执行./configure
*因为ANTs依赖的包很多,需要cmake、ccmake、ITK,中间ccmake出来的参数也需要修改,有些教程没有提到,默认你有,其实很坑
cmake和ccmake的安装包不一样,ccmake是 sudo apt-install cmake-curses-gui
*ccmake修改ANTs的参数时,我没有SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL这一项,不知道为什么,按t看了下,也没有这项,太致命了,后面修改host以后就能链接github了
可能是因为SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL这个是针对由于防火墙导致的连接github失败,我的问题是host里面没有github的ip....(电脑小白头秃)
遇到报错不要急,复制报错搜索一下,会发现大家都遇到过(doge
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