Ubuntu20.04安装Freesurfer7.3.2记录

以后需用freesurfer处理sMRI及PET图像，在此简要记录软件过程。

虚拟机ubuntu20.04

Freesurfer7.3.2

一、下载Freesurfer7.3.2安装包（可同时进行步骤三）

首先在官网下载和虚拟机相对应的版本，我安装的是目前最新版https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.3.2/freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.3.2.tar.gz也可以直接在终端下载：

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.3.2/freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.3.2.tar.gz

注意：

1、时间：7.3.2版本Freesurfer有6.1G,下载总时间可能会在20+小时。

2、安装包完整性：由于网络不稳定或其他原因，下载过程会中断，为了从之前断载的位置开始下载，最好使用如下命令：

wget -c https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.3.2/freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.3.2.tar.gz

3、安装包下载位置：初始下载位置在第2步会改变，不用特地去找。

二、解压Freesurfer安装包

1、在终端用命令将Freesurfer安装包移动到/usr/local文件夹中：

sudo mv freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.3.2.tar.gz

2、解压Freesurfer安装包（解压后的文件仍在/usr/local文件夹中）：

cd /usr/local(选定文件夹)sudo tar xzvf freesurfer-linux-centos7_x86_64-7.3.2.tar.gz

三、安装Freesurfer前准备（可与下载同时进行）

去官网注册并申请license（FreeSurfer Registration form）

注意：

1、注册成功后官网会发送邮件去填入的邮箱地址中。（本人申请163邮箱，亲测有效）

2、需要使用火狐或google chrome浏览器，并在浏览器扩展程序中添加gooreplacer.

添加gooreplacer成功时，浏览器扩展工具栏出现刷子图标。

点击图标进入，选择“重定向”，点击“添加”，“匹配模式”填“www.google.com/recaptcha”，“目标地址”填“recaptcha.net/recaptcha”，“匹配类型”选择“通配符”。

3、若第1步在虚拟机中行不通，则在主机中进行。

四、安装安装Freesurfer

1、创建license文本

sudo touch freesurfer/license.txt

2、继续在终端输入命令

sudo su
cd /usr/local/freesurfer
gedit license.txt

3、下载Freesurfer官方邮件中license.txt，并复制全部内容到创建的license.txt中。保存后关闭。

4、安装tcsh(目前对此认知仅为：可减少接下来命令报错机会)

在终端输入：

sudo apt-get install tcsh

5、配置环境变量：（似乎在这里设置后不用每次打开都重新设置环境变量）

在终端输入命令：

sudo gedit /etc/profile

在打开的文档最后另起一行输入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer，保存后关闭。

继续在终端输入命令：

sudo gedit /etc/bash.bashrc

在打开的文档最后另起一行输入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

5、保存环境变量：

source ~/.bashrc

五、验证Freesurfer安装是否成功

按照其他博主和官网的测试方法进行验证。

本文借鉴了许多大神的经验和方法，特此标明：

1、FreeSurfer的安装及使用（个人踩坑记录）_凊-of的博客-CSDN博客_freesurfer

2、Ubuntu 20.04如何安装最新版本FreeSurfer软件 - 知乎

3、Ubuntu20.04安装医学影像处理工具R, ANTs, AFNI, FSL, FreeSurfer, Fiji等 - 爱码帮™分享编程知识和开发经验

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