Gromacs 伞形采样
GROMACS教程:伞形采样|Jerkwin参考教程如下,准备计算蛋白质结合的自由能。
GROMACS教程:伞形采样|Jerkwin
新建文件夹 opt/work5 做为计算文件夹
第一步: 准备拓扑文件
下载2BEG文件,放在work5文件夹,重命名为input.pdb
pymol里看起来是这样的,Pymol可以官网免费下载教育版。
先改文件夹权限,方便后面不会permission denied
sudo chmod 777 -R /opt/work5
使用gmx pdb2gmx
处理结构:
gmx pdb2gmx -f input.pdb -ignh -ter -o complex.gro
选水模型 选1
选N端 选2
下一个选 COO-
会选很多次,选错会报错。
现在的文件
在topol_Protein_chain_B.itp
文件的末尾加上下面几行:
#ifdef POSRES_B
#include "posre_Protein_chain_B.itp"
#endif
看一下complex文件
第二步: 定义单元晶胞
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -center 3.280 2.181 2.4775 -box 6.560 4.362 12
第三步: 添加溶剂和离子
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top
加完溶液的样子
添加离子 使用ions.mdp文件
; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
emstep = 0.01 ; Energy step size
nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist = 1.4 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb = 1.4 ; Short-range electrostatic cut-off
rvdw = 1.4 ; Short-range Van der Waals cut-off
pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral -conc 0.1
第一步有一个warning 按提示忽略,新增的文件:
第四步: 能量最小化与平衡
gmx grompp -f minim.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx grompp -f npt.mdp -c em.gro -p topol.top -o npt.tpr
gmx mdrun -deffnm npt
2021年11月20日16:13:36
2021年11月20日16:51:31
这一步38min
把gro文件拖入pymol,再把trr文件拖入,可以看到能量最小化过程。
第五步: 生成构型
gmx make_ndx -f npt.gro
(>为make_ndx的提示符)
> r 1-27
> name 19 Chain_A
> r 28-54
> name 20 Chain_B
> q
gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr
gmx mdrun -s pull.tpr
最后一部需要时间较久,用北鲲云计算平台,只需要提交pull.tpr文件
7min
把xtc 和gro文件导入pymol可以看到牵引流程
gmx trjconv -s pull.tpr -f traj.xtc -o conf.gro -sep
选group 0
产生了501个gro文件
使用插件计算每个文件质心距离,插件保存在Desktop\软件\插件
perl distances.pl
生成文件
第六步: 伞形采样模拟
0 | -0.012 |
254 | -0.107 |
279 | -0.01 |
306 | 0.109 |
354 | 0.214 |
411 | 0.308 |
417 | 0.41 |
457 | 0.492 |
选择这些序列的文件进行采样。大概按间隔0.1选取,这里得到的参数和原教程差别很大,推荐的脚本也不是很好用,选择手动输入,
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf0.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt0.tpr -r conf0.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf254.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt1.tpr -r conf254.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf306.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt2.tpr -r conf306.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf354.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt3.tpr -r conf354.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf411.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt4.tpr -r conf411.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf417.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt5.tpr -r conf417.gro -maxwarn 5
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf457.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt6.tpr -r conf457.gro -maxwarn 5
生成七个npt文件,传入云计算。
很久很久以后
npt模拟后的gro:直接从前面的扭曲成后面这样。有点怪
第六个:不知道为啥pymol导出的gif有黑条。
对现有的npt1、3、4、5、6线进行下一步
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt1.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella1.tpr -r npt1.gro -maxwarn 3
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt3.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella3.tpr -r npt3.gro -maxwarn 3
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt4.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella4.tpr -r npt4.gro -maxwarn 3
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt5.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella5.tpr -r npt5.gro -maxwarn 3
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt6.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella6.tpr -r npt6.gro -maxwarn 3
产生了很多tpr文件
0和2 也好了
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt0.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella0.tpr -r npt0.gro -maxwarn 3
gmx grompp -f md_umbrella.mdp -c npt2.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella2.tpr -r npt2.gro -maxwarn 3
北鲲云计算步骤:
点Gromacs 然后点右边的提交作业
然后选可视化模板,点本地上传,传一个tpr文件就可以了,然后点下一步,选择合适的核数,然后点两次提交就可以等着下载out文件了
结束后点击作业后面的查看(小眼睛图标),然后下载需要的文件
一次只能上传一个tpr文件,优选16核的海牛。
把输出文件复制到工作文件夹
第七步: 数据分析
新建文件pullf-files.dat
和pullx-files.dat
文件内容:
umbrella0_pullf.xvg
umbrella1_pullf.xvg
umbrella2_pullf.xvg
umbrella3_pullf.xvg
umbrella4_pullf.xvg
umbrella5_pullf.xvg
umbrella6_pullf.xvg
第二个类似
运行命令:
gmx wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o -hist -unit kCal
报错
Fatal error:
. Should be tpr, xvg, or pdo.0.tpr
手输dat文件的问题,使用下面的命令生成dat文件
ls umbrella*_pullx.xvg > pullx.dat
告别手输,都用这个命令就成功了
最后的图,和教程差别蛮大
能量曲线也没有收敛,应该是取的区间太少。刚开始的distance也不一样
重新按照英文教程走一遍,数据基本正确,
Umbrella Sampling (mdtutorials.com)http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/07_analysis.html
取样很少,但看得出来收敛的趋势,而且实践过程几乎没有报warning。
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