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“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”

课 程 内 容

分子动力学模拟基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义1.4系综简介和选择1.5分子动力学的概念1.6主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法1.7积分步长的选取1.8温度和压力控制1.9周期性边界条件1.10分子动力学模拟流程

GROMACS入门操作 2 GROMACS入门操作基础2.1 Linux环境介绍2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令2.3 Linux并行操作方法2.4 OpenMP内存贡献并行介绍2.5 MPI分布式并行介绍和环境搭建2.6 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件2.7 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍2.8 GROMACS基本算法介绍2.8 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明

GROMACS建模方法 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用3.2 建立各种体系模型混合模型、界面模型、球体模型等3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATBitp, top的结构以及参数说明3.4 建立均相、多相体系3.5 如何修改力场参数

GROMACS初级分析工具讲解 3 GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力3.6 LJ流体，甲烷，水纯物质模拟3.7 模拟轨迹分析(trajectory，sasa，rdf，freevolume等)3.8 生成拓扑结构和坐标文件(editconf，genconf，pdb2gmx等)3.9 模拟能量分析(energy，enemat等)3.10 系统动态结构分析(cluster，confrms，midist等)3.11 空间分布性质(gyrate，msd，rdf，traj等)3.12 分子结构分析(hbond，order，principal，spol等)3.13 静电作用分析(dielectric，dipoles，potential等)3.14 介面作用分析(density，densmap，h2order等)3.15 光谱学分析(anaeig，nmeig等)

GROMACS算例 4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程4.1 纯相、多相混合体系模拟计算冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等乙醇等极性溶剂石油化工领域等、聚合物分子等4.2 界面模拟计算气液界面、固液界面、油水界面表面活性剂的界面模拟4.3 物理场下的模拟计算 静电场、微波场、高斯脉冲场4.4 石墨烯、纳米管的模拟

复杂体系建模分析(一) 5 伞形采样——计算结合自由能5.1 创建一系列反应路径分子构型5.2 提取模拟间隔质心轨迹5.3 模拟每个构型的伞形采样5.4 柱状图分析计算结构自由能6 药物分子开发溶剂筛选6.1 介绍热力学积分方法6.2 构建药物分子模型6.3 建模药物分子溶解在水相，油相和醇相6.4 计算不同相态下的分配系数6.5 快速预测药物分配系数方法

复杂体系建模分析(二)

7 固/晶体建模仿真7.1 固/晶体结构建模7.2 插入溶剂分子7.3 模拟系统达平衡7.4 分析固/晶体结构变化8 磷脂双分子层生物膜建模8.1 磷脂分子结构建模8.2 磷脂双分子层建模8.3 模拟水通道(蛋白、多肽、高分子、碳纳米管等)8.4 插入溶剂分子8.5 模拟系统达平衡8.6 分析溶剂分子扩散速率9 讨论学员感兴趣的相关问题

学习安排链接:https://docs.qq.com/pdf/DT3JMUVVSZHh3bWZT