打开 igv java_IGV加载很久很烦人？三步帮你解决！

刘小泽写于19.10.28

相信大家都遇到过，这个烦人的loading~

烦人的loading

这是因为IGV的设计者默认全球都能访问他们的网站，但是，广大的国内用户做不到啊！

IGV启动每次都要加载一下基因组和注释文件，我们每次都要在loading上面浪费大量的时间，那么这个问题怎么破？

思前想后，我认为这个是一条最快的途径

第一步断网

网络是loading的根源，断了网，它想访问也没用

第二步重新打开IGV

一定会出现一个“报错“，说找不到这个基因组文件。但这个报错我们选择无视他，然后很快就能打开这个程序

很快打开，报错无视

打开以后，就可以重新开启网络了

第三步自己从本地加载基因组，一劳永逸

以人类基因组为例：

# 最好先用samtools 的faidx构建一个.fai索引文件

# for hg19 genome

cd ~/reference/genome/hg19

wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz

gunzip hg19.fa.gz && rm hg19.fa.gz

samtools faidx hg19.fa

# for hg38 genome

cd ~/reference/genome/hg38

wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz

gunzip hg38.fa.gz && rm hg38.fa.gz

samtools faidx hg38.fa

把fa和它的索引.fai放在本地，然后只需要通过Genomes=>Load Genome from File，导入FASTA文件

本地加载

另外，还需要基因的注释，即加载基因组GTF文件

例如下载人类基因组基因注释文件：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.annotation.gtf.gz

gunzip gencode.v32.annotation.gtf.gz

File => Load from file => 选择解压后的GTF文件，这是为了能看到基因的信息(如下图底部记录)

基因组和GTF都有了，就可以载入bam文件查看了

不过好像不能按照基因名查找，但是查看bam文件是绰绰有余了

得到结果

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