千呼万唤的线粒体基因组完成图
凌恩生物提供各类物种的线粒体DNA的富集和抽提,从前期样本制备到后期生物信息分析,都致力于为客户提供最专业的服务。
线粒体相关介绍
线粒体(mitochondrion,mtDNA)是一种存在于大多数真核生物中的由两层膜包被的细胞器,是细胞中制造能量的结构,是细胞进行有氧呼吸的主要场所。大多数真核细胞或多或少都拥有线粒体,但它们各自拥有的线粒体在大小、数量及外观等方面上都有所不同。
不同生物线粒体的结构特点:
植物:300~1000kb,基因组内有很多重复序列,基因结构复杂,编码区占比低,是目前组装和注释难度最高的小基因组
藻线:基本在100kb以下,基因组重复序列少,基因区结构较简单
真菌:比较小,常见的在30~120kb,物种间序列变异较大,基因数不多但结构较为复杂
动物:常见的大小在15~16kb,基因排列紧凑,会出现部分基因区的重叠,没有或很少的基因间隔序列
常见的圈图如下:
真菌线粒体圈图例图.pdf
植物线粒体圈图例图.png
动物线粒体圈图例图.png
分析流程
公司优势及项目经验
公司已经完成及在线的线粒体已经超过80个,动物和植物线粒体较多;其中96%以上的样本组装到完成图水平。
统计目前已完成及在线的线粒体物种分布,植物线粒体分布于5种不同的科,主要物种如水稻、玉米、胡萝卜、棉花、小麦等;动物线粒体分布于15种不同的科,如一些海产品(比如鱼、海胆)和鸟类、软体动物等。
藻类线粒体项目的物种分布主要是金球藻、红球藻和其他一些水藻。
项目类型 | 物种 | 拉丁名 |
植物线粒体 | 藻科 | Chlorellaceae;Palmellaceae |
黍亚科 | Panicoideae;Panicodae | |
禾本科 | Poaceae;Gramineae | |
豆科 | Fabaceae;Leguminosae | |
伞形科 | Apiaceae;Umbelliferae | |
藜科 | Chenopodiaceae | |
项目类型 | 物种 | 拉丁名 |
动物线粒体 | 蚶科 | Arcidae |
蛔科 | Ascaridae | |
鱼类 | Fish | |
石鳖 | Chiton | |
竹鼠科 | Rhizomyidae | |
鸠鸽科 | Columbidae | |
天牛科 | Cerambycidae | |
笠贝科 | Acmaeidae | |
水母科 | Rhizostoidae | |
甲壳类 | Crustaceans | |
绦虫类 | Cestoda | |
海胆类 | Echinoidea | |
刺鲀科 | Diodontidae | |
蜂类 | Bees | |
线虫类 | Nematode | |
书虱科 | Liposcelididae |
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