画图手册 | ImageGP:今天你“plot”了吗?
前言
刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程(都是爆满,2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了),数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP
绘图展示。在运行流程之余,收到学员的反馈,说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前,我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议,因次借这次的ImageGP答疑,来给ImageGP
正正名,是的,它不是imagp
,也不是imap
,更不是GPS
(此处有个省略50字的悲伤故事)。它是ImageGP — 画个Picture。
功能简介
前方网站功能高能·真不是报菜名:
线图,GO富集泡泡图,热图,箱线图,散点图,柱状图,火山图,曼哈顿图,直方图,韦恩图,密度图,桑基图,PiCrust,UpsetView,PCA,PCoA, CPCoA,LEfSe,Bugbase,FAPROTAX。相信只要我描述的功能够多,路人的使用速度就追不上我。
R语言 - 基础概念和矩阵操作
热图绘制
R语言 - 热图美化
R语言 - 线图绘制
R语言 - 线图一步法
R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
R语言 - 火山图
R语言 - 富集分析泡泡图
R语言 - 散点图绘制
R语言 - 韦恩图
R语言 - 柱状图
R语言 - 图形设置中英字体
一文看懂PCA主成分分析
读懂PCA和PCoA
R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
桑基图riverplot
LEfSe分析,你真的懂了么
16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase
使用指南
使用很简单,和把大象放冰箱里的步骤数一样 — 导入数据
,选择参数
,“PLOT”出图
。(当然,更简单的我不告诉你:点一下Demo
就好)
数据导入:
目前imageGP只能通过Ctrl C+V的形式粘贴数据,并且要特别注意导入的数据是长表格还是宽表格(这在教程中也有解释);
每一图的文件数据必须是由制表符(
tab键
,在ESC
下面)分隔的内容,并且一定要注意是否需要标题行,列名字不能以数字开头,除数字、字母、下划线外不能有空格等其他字符,暂时还不支持中文。参数属性设置:除了PiCrust,LEfSe,Bugbase和FAPROTAX(可参照示例数据使用),其他的每种绘图页面的最上端都有一个使用示例的图示,右边展示的是结果,左边是制作结果的导入数据和参数设置,刚开始使用时可以参照模仿,确定熟悉自己的数据再调换参数。
绘图前一定要知道自己想要的图长什么样,横轴是哪一列信息,纵轴是哪一列信息,颜色代表哪一列信息,大小代表哪一列信息,想好了,也就选出来了。
参数 | 内容 | 图 |
---|---|---|
Essential parameters(必要参数) | 选择X,Y轴和图例变量,并且可以选择变量排列顺序和颜色 | 线图;GO富集泡泡图;箱线图;散点图;柱状图;火山图;曼哈顿图;直方图;UpsetView;密度图;桑基图;PCA;PCoA;CPCoA; |
Data preprocess (数据预处理) | 可以选择对X,Y轴变量进行处理以及如何处理 | 线图;箱线图;柱状图;直方图;密度图;PCA; |
Layout | 设置图例的位置,线条粗细和是否平滑,以及x轴刻度标记的倾斜度。 | 线图;GO富集泡泡图;热图;箱线图;散点图;柱状图;火山图;曼哈顿图;直方图;韦恩图;密度图;PCA;PCoA;CPCoA; |
Add extra elements(添加其他元素) | 在原图上加上一些注释线,说明相应位置对应的信息 | 线图; |
Modify plot titles(修改图的标题) | 修改主图和图中X,Y轴的标题 | 线图;GO富集泡泡图;箱线图;散点图;柱状图;火山图;曼哈顿图;直方图;韦恩图;密度图; |
Plot titles and colors(图的标题和颜色) | 修改图的标题,颜色向量和颜色类型 | 热图; |
Picture attributes(图片属性) | 修改图片属性,图片长宽度 (一般可以自使用)和颜色值,数据多的时候可以设置大一些,保证可看性。 | 线图;GO富集泡泡图;热图;箱线;图;散点图;柱状图;火山图;曼哈顿图;直方图;韦恩图;UpsetView;密度图;桑基图;PCA;PCoA;CPCoA; |
Cluster parameters(聚类参数) | 选择是否聚类,以及计算聚类的方法和距离矩阵计算方法 | 热图; |
Annotation matrix(注释矩阵) | 导入注释矩阵信息,注意注释矩阵的第一列需要和数据矩阵的第一列一致 | 热图; |
结果生成:成功操作上面两步,并且没有出现任何提示信息,比如
ERROR或错误
等字符,就可以点击PLOT
来得到自己的结果图 (图谱单击可放大)。为了满足期刊投稿要求,因此目前网站设置的统一字体是“Arial”格式,提供PDF
格式下载。
上图报错是因为热图绘制过程中,数据矩阵和注释矩阵信息未匹配。(提示信息一般都比较清楚,优先读英文信息,中文信息部分为自动翻译,还未做校正)
结果导出:
生成的结果图会在网页下端的“Plot area”区域,点击图片就会放大,导出的文件也是PDF格式的矢量图,有时候直接打开会因为篇幅有限,字符显示不全,这个时候可以导入Adobe Illustration修改,增大画板或者做其他处理。
Mannul & FAQ
教程Manuals:目前已整理出了数据格式简介,线图、GO富集分析图、热图的使用解读。
常见问题 FAQ:
有问题的时候不妨先来看看这里怎么处理,无论是必须参数,还是长表格和宽表格的选择,这里都有答案。参数中的variable
输入的是列的名字,对大小写敏感 (现在采用了下拉框形式,没有烦扰了)。
和您同行
Code wall:设置代码墙是想同时展示图和核心代码,主要是想整理一些复杂的组合图,一步生成,方便用户更好理解学习绘图思路,增强结果可操作性。不过目前刚刚起步,各种内容也待更新,不知道看到这的您是否有兴趣提键盘来参与这一章的编写。
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