RDKit:化合物骨架分析
新药研发是一项耗时长且耗资巨大的工程,据资料显示由安全性问题与药物代谢动力学性质不良引起新化学实体成药失败的比例高达60%,且这一比例还在逐年升高。代谢稳定性是影响药代动力学性质的主要因素之一,它一般用来描述化合物代谢的速度和程度,也是决定药物小分子生物利用度的一个重要因素。骨架修饰是改变代谢途径、提高代谢稳定性的重要化学结构改造策略之一,通过骨架修饰进行先导化合物优化,能够显著提高先导化合物的代谢稳定性。
药物分子由药效团和结构骨架构成的,由苗头化合物演化为先导化合物,继而通过先导化合物优化成为候选化合物的过程,也是保持药效团、变换分子结构、修饰基因和边链的过程。骨架修饰包括骨架迁越、成环修饰以及改变环的大小,通过骨架修饰可以改变化合物的母核,调节化合物的理化性质,进而提高代谢稳定性。采用代谢稳定的环系结构替代不稳定的结构片段,进而改变整个化合物的代谢途径,提高代谢稳定性。美迪西可以为客户提供涵盖各种靶标和疾病领域的药物研发服务,包括从活性化合物发现、 靶标验证、先导化合物优化到临床前候选药物的选择。
骨架迁越
骨架迁越最早是以计算技术引入到新药研发的,其目的是在已知的数据库中,寻找与苗头化合物完全不同的拓扑骨架,但仍保持原有的生物活性。也就是从已知的活性分子结构出发
RDKit:化合物骨架分析相关推荐
- RDKit:化合物骨架分析(基于Python3)
基于RDKit的骨架分析 代码实例: # In[1]: #!/usr/bin/env python3from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw ...
- RDKit | 化合物库的相似性分析
展示一种小分子数据库的相似性分析策略. 实例中使用SMILES文件,该分析可以以相同的方式从分子的SDF或其他格式文件中加载数据,只需确保使用适当的方法将分子加载到RDKit中. 导入库 import ...
- RDKit | PD/PD-L1抑制活性 化合物指标分析
导入库 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools im ...
- RDKit | 化合物描述符向量化及部分结构检索
numpy的vectorization arrays很重要因为它提供了可以批处理数据而不需要写任何for循环,叫做vectorization: 化合物描述符向量化及相似性检索 导入库 import p ...
- RDKit | 化合物活性数据的不平衡学习
不平衡学习(Imbalanced learning) 不平衡数据的定义 顾名思义即我们的数据集样本类别极不均衡,以二分类问题为例,数据集中的多数类 为Smax,少数类为Smin,通常情况下把多数类样本 ...
- RDKit | 化合物芳香度分子描述符的计算与相关性比较
分子描述符是确定分子性质的指标. 本文想看看描述分子特性中侧重于" 化合物芳香度 "的描述符.随着交叉偶联反应的发展,将芳环引入分子变得更加容易.另一方面,已知具有多个芳环的化合物 ...
- RDKit | 化合物亚结构搜索与结果输出
环境 Python 3.6 RDKit 2019 方法 假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中. 可以在以下流程中执行部分结构搜索,并突出显示匹配化合物的匹配部分结构. 导入库 ...
- RDKit | 化合物SDF文件转换为SMILES存储为CSV
将化合物格式SDF文件转换为CSV文件. 读取SDF中的属性并输出为CSV项目 不必使每个化合物的属性具有相同的属性(输出不为空的属性). import pandas as pd from rdkit ...
- MyBatis源码骨架分析
源码包分析 MyBatis 源码下载地址:https://github.com/MyBatis/MyBatis-3 MyBatis源码导入过程: 下载MyBatis的源码 检查maven的版本,必须是 ...
最新文章
- 在Windows上运行Spark程序
- python画图中文显示_解决Linux系统中python matplotlib画图的中文显示问题
- springboot actuator_Spring Boot 服务监控,健康检查,线程信息,JVM堆信息,指标收集,运行情况监控...
- check your cluster UI to ensure that workers are registered and have sufficient resources
- thinkphp5.0学习(九):TP5.0视图和模板
- wordpress函数手册_WordPress主题开发手册
- Android之使用VideoView组件播放一个简单的视频
- oracle三种连接身份
- 《ArcGIS Runtime SDK for Android开发笔记》——离在线一体化技术:离线矢量数据下载...
- Visual C++编译选项
- lsqcurvefit拟合结果为复数_高考数学专题突破,向量运算与复数运算、算法、推理与证明,方法规律总结,知识归纳,易错示警...
- 设置手动双面打印_双面打印文档,你会吗?学会这几招,自动双面打印问题轻松解决...
- Unity3D 串口连接
- wx-微信公众号-静默登陆授权
- 最大矩形面积问题——单调栈法
- 软件安装: 安装.deb文件操作
- 【深度学习】(1) CNN中的注意力机制(SE、ECA、CBAM),附Pytorch完整代码
- Arduino 串行通信之串口通信 UART 原理及释义
- 图像分解python_利用奇异值分解(SVD)进行图像压缩-python实现
- 少儿学python真的有用吗_如何看待海淀妈妈们认为Python是儿童才学的低端编程?...