RDKit | 化合物SDF文件转换为SMILES存储为CSV

将化合物格式SDF文件转换为CSV文件。

读取SDF中的属性并输出为CSV项目
不必使每个化合物的属性具有相同的属性（输出不为空的属性）。

import pandas as pd
from rdkit import Chem
import argparse
from collections import defaultdictdef main():parser = argparse.ArgumentParser()parser.add_argument("-input", type=str, required=True)parser.add_argument("-output", type=str, required=True)parser.add_argument("-save_name", action='store_true', help="store header line as _Name")args = parser.parse_args()# Read SDFsdf_sup = Chem.SDMolSupplier(args.input)Props = []if args.save_name:Props.append("_Name")for mol in sdf_sup:for name in mol.GetPropNames():if name not in Props:Props.append(name)# dictionary for storing dataparam_dict = defaultdict(list)# Read

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