FastQC安装以及试用

FastQC是一个java程序，能够用于给出测序数据的QC报告，报告中会同时给出上述几个方面的数据图，并提示原来的数据可能还存在着哪些问题，它可以很好地帮助我们理解测序数据的质量情况。
使用FastQC需要先有java的环境，在Ubuntu中先使用wget获取安装包（https://download.oracle.com/java/17/latest/jdk-17_linux-x64_bin.tar.gz）。

解压之后需要配置环境变量，用自己的安装路径设置JAVA_HOME。

(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export JAVA_HOME=/home/bigda/jdk-17
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export JRE_HOME=$JAVA_HOME/jre
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export CLASSPATH=.:$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin

完成之后查看一下java的版本，能够查看说明配置完成。

然后去下载FastQC的压缩包（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip），使用wget下载完成后解压，再修改文件夹中fastqc的权限，就可以运行了。

(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ unzip fastqc_v0.11.8.zip
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ cd FastQC
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~/FastQC$ chmod 755 fastqc

修改权限就可以看到fastqc从之前的灰色，变成了绿色。

完成后尝试运行，运行的时候，需要给出fastqc文件详细的路径。

等待运行完成后，会在同目录下生成html和zip文件。

在打开html文件，就可以直观的看到结果。

FastQC安装以及试用相关推荐

Proovread安装与试用
proovread安装与试用 2018.12.04 19:52:21字数 204阅读 118 [TOC] 安装环境 Ubuntu18.10 Perl 5.10.1 or later Log::Log4 ...
MAC OS X Yosemite安装与试用
MAC OS X Yosemite安装与试用北京时间2014年6月3日凌晨,苹果公司在美国旧金山Moscone中心召开2014年度全球开发者大会(WWDC 2014),发布了新一代Mac操作系统OS ...
VS2005-此计算机上已安装了试用版。必须先卸载以前安装的试用版后才能安装另一个试用版
VS2005-此计算机上已安装了试用版.必须先卸载以前安装的试用版后才能安装另一个试用版以前安装过vs 2005后来安了2008,2005删了,现在项目需要2005,再准备安上,安的时候提示&quo ...
VS2005-此计算机下已安装了试用版，必须先卸载以前安装的试用版后才能安装另一个试用版
VS2005-此计算机下已安装了试用版,必须先卸载以前安装的试用版后才能安装另一个试用版 VS2005-此计算机上已安装了试用版,必须先卸载以前安装的试用版后才能安装另一个试用版. VS2005-此计 ...
Fastqc安装运行（jdk安装）
FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估,其官网为:Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool fo ...
medini analyze软件下载安装使用试用购买
##商业软件如需下载安装使用试用,可以点下面,通过简介添加静态测试软件(QAC.Klocwork.Coverity等)单元测试软件集成测试软件(VectorCAST.TestBED.Tessy.C ...
libreoffice安装教程_Plasma 5.15.4+Ubuntu19.04 Kubuntu 19.04虚拟机安装和试用
4月19日更新: 国内中科大镜像网站已经上传好了ubuntu 19.04和各大风味版本正式版的ISO镜像,下载地址这里给出: Ubuntu19.04:http://mirrors.ustc.edu.c ...
HBuilder的安装与试用
准备把前端框架Layui仔细学习一遍(虽然Layui已经过了最流行的时候,但是很多项目都在用它),在B站找了一套<Layui框架精讲全套视频教程>,视频作者实操Layui时用的工具很方 ...
网络协议逆向工具Netzob1.0.2的安装与试用
最近项目任务有需求,想探究一下对未知未加密网络协议的解析. 之前只了解过基本的计算机网络知识,对于具体的网络协议,更多是学术上的认识,而没有工程上的认知与实践.因此对于网络协议解析的工作,可谓是一筹莫 ...

FastQC安装以及试用

FastQC安装以及试用相关推荐

最新文章

热门文章