Linux下的she'll script

今天对医学图像的处理需要用到Linux下的dcm2nii和nifti2dicom，这两个是开源的软件，专门用于处理医学图像格式，前一个时将dicom格式的文件转换为nii格式，后一个是将nii格式转换为dicom格式。

这两个软件安装好了之后，都可以在命令行进行执行，很方便。但是为了实验需要，要在Java中调用Linux命令来进行转格式。先尝试写一个she'll脚本，运行这个脚本的时候就可以完成格式转换。

she'll的编写：以test.sh为例

1、touch test 创建一个文件test

2、vim test 开始便捷test这个文件

#!/bin/bash
#Transform type of nii to dicom，then find the filename.nii.gz image's name , rename ,unzip it to filename.nii
#20170225
dcm2nii -a y ......nii2dcm/N2D_0001.dcm
name=`find -name *.gz`
echo "\nfilename: $name"
arr=$(echo $name|tr "/" "\n")
for x in ${arr[@]}; doecho $x
done
cd   nii2dcm
echo "Step into folder!"
name1=`find -name *.gz`
gunzip $name1
echo "Finsh Unzip"
name2=`find -name *.nii`
cp $name2 "a.nii"
echo "Finsh Rename!"
rm $name2
echo "Remove Orignal file"
pwd
echo "Finsh Transform!"

#!/bin/bash 声明这个script使用的she'll名称

下面的几个#号后面的是被屏蔽的注释，即不会被执行的。

第二句是调用的dcm2nii这个命令，

第三句比较关键，

name=`find -name *.gz`

因为文件较多，可以通过后缀来找到自己需要的。注意，等号后面的不是引号，是tab上面的那个键。也可以用另一种写法

name=$(find -name *.gz)

这两种方法均可以找到后缀为gz的文件。

第四句输出变量的值：

echo "\nfilename: $name"

$是获取name的值。

第五句，使用正则表达式：

arr=$(echo $name|tr "/" "\n")

因为上面的name的值包含路径信息，里面肯定有许多“/”，所以采用正则表达式来将路径信息分开。

第六句输出字符串中的值：

for x in ${arr[@]}; doecho $x
done

OK，下面的句子基本都是上面的重复。有不对的地方还请批评指正。

另外：

获得文件的名字和后缀也可以这样：

file=”thisfile.txt”
echo “filename: ${file%.*}”
echo “extension: ${file##*.}”

参考：

http://blog.csdn.net/rainharder/article/details/6030255

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