linux的gromacs模拟分子运动,分子动力学技术交流---gromacsamber
分子动力学模拟交流***: 668223348 (王老师邀请)
Gromacs和Amber的分子动力学模拟技术与应用课程在北京举办。
课程一GROMACS分子动力学模拟课程
GROMACS基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
GROMACS入门操作的Linux基础命令
1 GROMACS入门操作基础 实例操作:编译安装GROMACS
2 GROMACS建模——掌握基本操作流程 实例操作:GROMACS基本建模工具使用
GROMACS建模计算 1 GROMACS计算——熟练掌握GROMACS计算一整套流程,为模拟蛋白做铺垫 实例操作:建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液
实例操作:模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液(加电磁场)
3 GROMACS数据分析 1 GROMACS数据分析 实例操作:提取各种数据、分析
4,生物大分子建模 1 生物大分子建模(以二氢叶酸还原酶为例) 2 复杂体系建模:蛋白配体复合物(以蓝光受体BLUF为例) 实例操作:多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理,氨基酸质子化状态处理,构建拓扑文件,添加周期性水盒子,添加平衡离子
实例操作:模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化,跑NVT, NPT平衡
5,数据分析 1 查看动态轨迹(采用VMD软件)
分析工具使用 实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,分子轨迹的RMSD,计算回转半径、平均结构等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析
课程二 AMBER分子动力学模拟
1,分子动力学原理 课程1 分子力学(力场) 课程2 能量优化的常用方法 课程3 分子动力学
2, Linux与AMBER和模型构建 课程1 Linux基础 课程2 AMBER软件简介 课程3 模型文件的预处理 上机实践:AMBER实例:蛋白-配体复合物的预处理平行实例:环糊精主客体复合物的预处理
3,MD模拟 课程 能量优化、分子动力学模拟 上机实践:AMBER实例:能量优化、分子动力学模拟 (蛋白体系、环糊精体系)
4,能量计算、 结合自由能计算 AMBER实例:结合自由能计算 (蛋白体系、环糊精体系) AMBER实例:结合自由能分解计算 (蛋白体系、环糊精体系)
5,轨迹分析 课程 分子动力学轨迹分析 AMBER实例:分子动力学轨迹分析 (蛋白体系、环糊精体系)
6,ASMD模拟 课程8ASMD AMBER实例:ASMD模拟 (蛋白体系、环糊精体系)
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