集合的交集一帮采用Venn图进行展示，但当集合数目超过3时，使用Venn图直接展示会显得比较杂乱，我们倾向于使用UpSet展示。这里，我们介绍UpSet的概念，并展示如何使用UpSet package绘制图.

Venn图绘制

直接在Rstudio窗口显示：

library(VennDiagram)
library(RColorBrewer)
grid.newpage()
venn_plot <- venn.diagram(x = list(smps_clin,smps_mrna,smps_mirna,smps_cnv,smps_meth_cg),category.name=c('clin','mrna','mirna','cnv','meth_cg'),filename = NULL,
)
grid.draw(venn_plot)

UpSet 元素解读

三个条形图表示A，B，C三个集合大小；第一行三个空白⚪表示不存在与A，B, C三个集合的元素，第2-4行表示仅存在于其中一个集合的元素，以此类推. 如下所示

UpSet 包使用

UpSet提供两个转换函数fromList and fromExpression用于格式化数据

fromList接受一个命名list，每个元素表示一个集合.

listInput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, 5, 10), three = c(1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13))
upset(fromList(listInput), order.by = "freq")

fromExpression函数接受一个命名向量表达式，包含了每个集合的大小，以及交集的大小，交集的名称通过 & 符号相连，例如

expressionInput <- c(one = 2, two = 1, three = 2, `one&two` = 1, `one&three` = 4, `two&three` = 1, `one&two&three` = 2)
upset(fromExpression(expressionInput), order.by = "freq")

直接使用矩阵

> library(UpSetR)
> require(ggplot2)
>
> movies <- read.csv(system.file('extdata','movies.csv',package='UpSetR'),header = T,sep=';')
> head(movies)Name ReleaseDate Action Adventure
1                   Toy Story (1995)        1995      0         0
2                     Jumanji (1995)        1995      0         1
3            Grumpier Old Men (1995)        1995      0         0
4           Waiting to Exhale (1995)        1995      0         0
5 Father of the Bride Part II (1995)        1995      0         0
6                        Heat (1995)        1995      1         0Children Comedy Crime Documentary Drama Fantasy Noir Horror Musical
1        1      1     0           0     0       0    0      0       0
2        1      0     0           0     0       1    0      0       0
3        0      1     0           0     0       0    0      0       0
4        0      1     0           0     1       0    0      0       0
5        0      1     0           0     0       0    0      0       0
6        0      0     1           0     0       0    0      0       0Mystery Romance SciFi Thriller War Western AvgRating Watches
1       0       0     0        0   0       0      4.15    2077
2       0       0     0        0   0       0      3.20     701
3       0       1     0        0   0       0      3.02     478
4       0       0     0        0   0       0      2.73     170
5       0       0     0        0   0       0      3.01     296
6       0       0     0        1   0       0      3.88     940
> upset(movies,nsets=7,nintersects = 30,mb.ratio = c(0.5,0.5),
+       order.by = c('freq','degree'),decreasing = c(T,F))

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