为什么要写本文

科研图像处理中，尤其是涉及生物成像，图像数据格式基本是TIFF。天天打交道的小伙计，自然要深入了解一下啦。

Tiff是什么

Tiff是一种图像文件格式，和jpeg，png等等是一家人吧。Tiff好就好在它是多平台兼容，信息可以无压缩。关于tiff更多的信息可以戳下面这个链接获得。

一个豆知识：Tiff是tagged image file format的缩写。

如何在MATLAB中保存

实际上在Matlab里使用imwrite( )是可以保存单张tiff图像的，但在磕盐中经常要处理一个stack的图像，所以imwrite( )就无法满足啦。

不过Matlab里提供了LibTIFF库的MATLAB入口：Tiff( )。如果想要获得更详细的信息，自行 doc tiff就可以啦。下面只摘取与保存图像相关的。

1. 创建TIFF文件，设置文件访问格式

MATLAB函数：obj = Tiff(filename, mode)obj就是创建的Tiff对象

filename是文件名，要带上格式后缀吼，比如filename = ‘img.tiff’

mode是文件访问类型，默认是‘r’读，保存文件的话这里要修改。对于单张图像，改成 'w' 就好啦，如果是多张的话，改成 'a' 。文件格式说明

t = Tiff('img.tiff','w') %创建TIFF文件

2. 设置图像标记

创建文件后，在写入数据前，要先设置以下标记：ImageWidth：图像宽度

ImageLength：图像长度

BitsPerSample：比特数/一个像素样本。磕盐中常用的三种叭，8位，16位，32位。

SamplePerPixel：像素样本数/一个像素

PlanarConfiguration：存储配置。chunky是连续存储每个像素的分量值，seperate是分开存储每个通道。在磕盐中处理的大多数为单通道灰度图像，这个设置都可。

Photometric：图像数据颜色空间。有好多种可以选，具体可以doc看看。磕盐处理的灰度图像，一般选'MinIsBlack'，即像素值为0时是黑色的。

SampleFormat：像素样本格式。uint8和uint16时选择'UInt'，32位single时选'IEEEFP'(IEEE浮点数据)

Compression：磕盐中当然选无压缩啦

t.setTag('ImageLength', size(img,1));

t.setTag('ImageWidth', size(img,2));

t.setTag('Photometric', Tiff.Photometric.MinIsBlack); %图像数据的颜色空间

t.setTag('BitsPerSample', dtype); %数据位数

t.setTag('SamplesPerPixel', 1);

t.setTag('PlanarConfiguration', Tiff.PlanarConfiguration.Chunky);

t.setTag('Compression',Tiff.Compression.None); %无压缩

t.setTag('SampleFormat',sf); %像素样本格式

3. 把数据写入文件

写就完事惹

t.write(img);

t.close; %写完把文件关了

如何在MATLAB中读取

直接用imread( )的话只能读一张，读多张的话需要一波自行操作，写个循环反复读取拼接。

tiffInfo = imfinfo(filename); %返回图像结构，每张图像有一个元素

tiffStack = imread(filename, 1);

for idx = 2 : size(tiffInfo, 1)

tiffTemp = imread(filename, idx);

tiffStack = cat(3 , tiffStack, tiffTemp);

end

源码

让我捯饬一下塞到github仓库叭，有空了更新