R语言-rethinking包下载安装心得（windows）

本人科研萌新一枚，近期因为学习了一本McElreath 2020. Statistical Rethinking, 2nd edition, CRC Press ，需要使用到 R 语言的rethinking 包进行学习。但是在内网上苦苦搜寻了2h+，只找到了2~3篇有关的博客。由于博客中的信息有些因为英翻汉而有所损失，因此折腾了好长的时间才最终成功的安装了rethinking包。希望后来的朋友不要因为这种小破事，白白浪费时间，因此写这篇博客。

一、首先是 R 语言环境的安装，（截至2022年11月15日），本人建议安装 R 语言的，4.0版本（我是4.0.0）。不建议安装较高的版本如4.2.2，之前使用这个版本安装时，总是出现 “退出狀態的值不是0” 的报错，百度了一下说是版本不太匹配。因此，目前还是建议4.0版本。直接通过清华镜像下载就行，链接如下：

The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn)

二、R-studio的下载安装，建议R-studio版本直接最新，对我们rethinking包的安装没有影响，但是R-studio版本太低可能会影响（官方文档中提及）。R-studio可以之间在官网或者是软件管家下载。

三、RTools 下载安装

rtools的版本也建议要和 R 的版本相对应（这是在其他博主那边看到的）。如果你和我一样使用的是 R 4.0.0，建议使用rtools4.0

下载官网：

RTools: Toolchains for building R and R packages from source on Windows (r-project.org)

安装后启动R写入：（环境配置）-->(这里是借鉴的其他博主)

writeLines( ' PATH="${RTOOLS40_HOME} \\ usr \\ bin;${PATH}" ' , con  =  " ~/.Renviron " )

然后重新启动 R 并验证是否通过以下方式找到 RTools（若输出为空则配置失败）：

Sys.which( " make " )## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"

然后就可以下一些资源包了，比如

install.packages("jsonlite", type = "source")

验证结果一直为空，大概是路径的问题，可选择直接用R创建文件并打开。

file.edit('~/.Renviron')

四、下载安装Rstan

目前，Rstan 发布的最新版本是 2.21.1 ，已有但未发布的是2.26.x (unreleased)

如果想安装2.26.x

# run the next line if you already have rstan installed
# remove.packages(c("StanHeaders", "rstan"))install.packages("rstan", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos")))

这里建议安装2.21.1，毕竟安装成功了。

首先建议通过以下方式删除任何现有的 RStan

remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")

然后打开 R ，输入以下代码进行下载

Sys.setenv(DOWNLOAD_STATIC_LIBV8 = 1) # only necessary for Linux without the nodejs library / headers
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies = TRUE)

下载完成后，需要进行验证是否安装成功：

example(stan_model, package = "rstan", run.dontrun = TRUE)

如果出现如下信息，则安装有效

Warning message:
In system(paste(CXX, ARGS), ignore.stdout = TRUE, ignore.stderr = TRUE) :'C:/rtools40/usr/mingw_/bin/g++' not found

如果是下面这部分，则说明安装出错了（本人在这块跌倒过好多次，最后是把版本之类的更换后，才成功）

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : C:/rtools40/mingw64/bin/../lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/8.3.0/../../../../x86_64-w64-mingw32/bin/ld.exe: C:/Program Files/R/R-4.0.3/library/rstan/lib/x64/libStanServices.a(stan_fit.o):stan_fit.cpp:(.rdata$_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2P1[_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2P1]+0x0): multiple definition of `boost::math::detail::bessel_j0<long double>(long double)::P1'; file1da012a9cf.o:file1da012a9cf.cpp:(.data$_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2P1[_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2P1]+0x0): first defined hereC:/rtools40/mingw64/bin/../lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/8.3.0/../../../../x86_64-w64-mingw32/bin/ld.exe: C:/Program Files/R/R-4.0.3/library/rstan/lib/x64/libStanServices.a(stan_fit.o):stan_fit.cpp:(.rdata$_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2QC[_ZZN5boost4math6detail9bessel_j0IeEET_S3_E2QC]+0x0): multiple definition of `boost::math::detail::bessel_j0<long double>(long double)::QC'; file1da012a9cf.o:file1da012a9cf.cpp:(.data$_ZZN5boos

需要重新启动 R 并从源代码重新安装 rstan 和 StanHeaders：（如果版本不匹配，可能也没用）

# Compile packages using all cores
Sys.setenv(MAKEFLAGS = paste0("-j",parallel::detectCores()))install.packages(c("StanHeaders","rstan"),type="source")

ps: 如果之前有其他版本的Rstan，可以通过以下方式删除（不想写了，直接截来官网的图）

五、安装cmdstanr

安装cmdstanr包，需要运行一下代码

请注意！！！要挂梯子才行！！不然一定会报错

# we recommend running this is a fresh R session or restarting your current session
install.packages("cmdstanr", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos")))

此外，官网还给出了从 GITHUB 上下载的一种方法

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("stan-dev/cmdstanr")

六，最后一步，安装rethinking

install.packages(c("coda","mvtnorm","devtools","loo","dagitty","shape"))
devtools::install_github("rmcelreath/rethinking")

如果只想完成课程（我学的书）的前半部分，而不用考虑 MCMC 和 Stan 安装，你可以安装rethinking 包的 slim 版本。

install.packages(c("coda","mvtnorm","devtools","loo","dagitty"))
devtools::install_github("rmcelreath/rethinking@slim")

检验是否安装成功，可输入如下代码

growth <- replicate( 10000 , prod( 1 + runif(12,0,0.1) ) )
dens( growth , norm.comp=TRUE )

如果没有报错并输出如下结果，则安装成功：

参考博客：R语言的rthinking安装（windows）_Kudou_Kaito的博客-CSDN博客_.renviron

参考博客： R包rethinking的介绍_漫漫求索0910的博客-CSDN博客

参考网址：https://github.com/rmcelreath/rethinking

参考网址：RStan Getting Started · stan-dev/rstan Wiki · GitHub

参考网址：R Interface to CmdStan • cmdstanr

参考网址：Configuring C Toolchain for Windows · stan-dev/rstan Wiki · GitHub

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