fastqc检验时不能执行java_安装Fastqc软件遇到的坑
由于之前的HPC太难用了,所以决定搬家到十楼的工作站,于是就免不了配置必要的工作环境,其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc,因为它太常用了。
我先是用conda安装,因为conda实在是太方便了,于是命令行:conda install fastqc 后面一路yes下去搞定,果然很顺利。
可是当我准备用的时候,输入命令: fastqc,诶?居然神奇吧的出错了,错误如下:
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc
Exceptionin thread "main"java.awt.HeadlessException:
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operationwhichrequires it.
at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
at java.awt.Window.(Window.java:536)
at java.awt.Frame.(Frame.java:420)
at java.awt.Frame.(Frame.java:385)
at javax.swing.JFrame.(JFrame.java:189)
at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.(FastQCApplication.java:63)
at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)
先是各种google,说是DISPLAY的设置问题,设置了一通都不成功。
于是回头看提示里跟java相关,我以为java安装有问题,所以查看了下java:
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC/Templates/Icons$ java -version
openjdk version"1.8.0_121"OpenJDK Runtime Environment (Zulu8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)
java是安装了的,而且版本还很新,所以java环境应该没有问题。
又以为是conda安装有问题,所以自己安装看看:
自己按照说明安装Fastqc
zdwu@ubuntu:~/software$ lsFastQC fastqc_v0.11.7.zipminiconda3 ref
zdwu@ubuntu:~/software$ cd FastQC/zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ lscisd-jhdf5.jar fastqc Help jbzip2-0.9.jar LICENSE_JHDF5.txt net README.md RELEASE_NOTES.txt sam-1.103.jar uk
Configuration fastqc_icon.ico INSTALL.txt LICENSE LICENSE.txt org README.txt run_fastqc.bat Templates
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ chmod 755 fastqc ----设置完毕
设置完毕后,运行fastqc看结果:
zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc
Exceptionin thread "main"java.awt.HeadlessException:
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operationwhichrequires it.
at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
at java.awt.Window.(Window.java:536)
at java.awt.Frame.(Frame.java:420)
at java.awt.Frame.(Frame.java:385)
at javax.swing.JFrame.(JFrame.java:189)
at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.(FastQCApplication.java:63)
at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)
怎么会这样?......................
于是去群里找linux牛人,牛人看了一会之后,建议进入root 下输入如下命令:
root@ubuntu:~# echo $DESKTOP_SESSION
就问我说操作系统是不是没有桌面,我去问管理员,管理说是server,果然没有桌面!
原来没有安装桌面是java会报错呀!!!............
哎,既然是这个原因,就先让管理员装上图形界面吧,其它后面再说........
我至今都没搞明白为什么没有安装桌面,fastqc就不能正常运行。。。这个机理到底是神马?如果您知道麻烦请留言告诉我!
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