fastqc检验时不能执行java_解压fastqc软件包后，运行fastqc报错：没有这个命令？...

最近在做CHIP-seq，从NCBI上获取了原始数据后，想用fastqc检查一下二代测序数据有没有问题

于是我从官网上面下载了fastqc人软件包，并解压到了Biosofts文件夹里面

然后运行

fastqc -h

发现报错，没有这个命令

我以为是我没有配置这个环境变量，但我配置好了后，还是报错

上网查的原因是解压后的FastQC文件夹里面虽然有fastqc文件，但是用ls -lh 代码发现这个文件是没有执行权限的解决办法如下

在fastqc文件所在的目录下运行下列代码

sudo chmod 777 fastqc

再次运行就可以运行了

另外提醒一下

Ubuntu自带Fastqc，所以可以用 apt install fastqc 来安装fastqc

但是

用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！

重要的事说三遍

用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！

很容易出现下面的情况

Approx 95% complete for output.fastq

Analysis complete for output.fastq

Failed to process file output.fastq

java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data

at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)

at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)

at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)

at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.(HTMLReportArchive.java:84)

at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)

at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)

at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

所以最好是到官网上面下载软件包解压在修改文件权限！

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