php 统计fasta 序列长度和GC含量

最近php7的消息铺天盖地，忍不住想尝试下。星期天看了下语法，写个小脚本练下手；

这个脚本读取fasta 文件，输出序列的长度和GC含量；

<?php
$fasta = "test.fasta";
$meta  = array();
$meta  = parse_fasta($fasta);
write_res($meta);function parse_fasta($fasta) {$meta = array();$file_handle = fopen($fasta, 'r');$id = '';$seq = '';while (!feof($file_handle)) {$line = fgets($file_handle);$line = preg_replace("/\s+$/", "", $line);if (preg_match("/^>/", $line)) {if ($id) {$meta[$id] = $seq;$id = $line;$seq = '';} else {$id = $line;}     } else {$seq .= $line;}}$meta[$id] = $seq;fclose($file_handle);return $meta;
}function write_res($meta) {foreach ($meta as $key => $value) {$len = cal_length($value);$gc  = cal_gc($value);echo "$key\t$value\t$len\t$gc\n";}
}function cal_length($seq) {return strlen($seq);}function cal_gc($seq) {$gc = array();preg_match_all("/G|C|g|c/", $seq, $gc);return count($gc[0]) / strlen($seq);
}?>

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