python学习——把计算GC含量的代码封装成函数
把代码封装成函数的好处是可以重复使用该段代码,并且会使代码结构清晰
例如要计算chr1以及chr2染色体的GC含量,代码如下:
1 # 将代码封装为函数并重复使用,例如计算染色体的GC含量 2 chr1 = 'ATCGCGATCCGAATGCAGGAatcagagataccgaNNNNNNttAATGAC' 3 chr2 = 'agataCGATGNNGATcCCGGGTTATAGCTAGCNNNGGG' 4 def get_gc_content(chr): 5 chr = chr.upper() #也可是使用.lower()把大写转换成小写计算 6 count_a = chr.count('A') 7 count_t = chr.count('T') 8 count_c = chr.count('C') 9 count_g = chr.count('G') 10 gc_content = (count_g + count_c) / (count_a + count_c + count_g + count_t) 11 return gc_content 12 13 chr1_gc_content = get_gc_content(chr1) # 计算chr1的GC含量 14 chr2_gc_content = get_gc_content(chr2) # 计算chr2的GC含量 15 16 print('chr1 gc content : {:.2%}'.format(chr1_gc_content)) 17 print('chr2 gc content : {:.2%}'.format(chr2_gc_content))
转载于:https://www.cnblogs.com/caicai2019/p/10854965.html
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