linux提取fasta文件的id,从大的fasta文件中提取特定的fasta序列

我想使用以下脚本从大的fasta文件中提取特定的fasta序列，但输出为空。从大的fasta文件中提取特定的fasta序列

transcripts.txt文件包含我想从assembly.fasta到selected_transcripts.fasta导出的列表转录本ID(ID和序列)。例如：

transcripts.txt： Transcript_00004|5601

Transcript_00005|5352

assembly.fasta：>Transcript_00004|5601

GATCTGGCGCTGAGCTGGGTGCTGATCGACCCGGCGTCCGGCCGCTCCGTGAACGCCTCGAGTCGGCGCCCGGTGTGCGTTGACCGGAGATCGCGATCTGGGGAGACCGTCGTGCGGTT

>Transcript_00004|5360

CGATCTGGCGCTGAGCTGGGTGCTGATCGACCCGGCGTCCGGCCGCTCCGTGAACGCCTCGAGTCGGCGCCCGGTGTGCGTTGACCGGAGATCGCGATCTGGGGAGACCGTCGTGCGGTT

的ID由>符号开头：>Transcripts_00004|5601。

我要读的assembly.fasta文件，如果在assembly.fasta成绩单ID是transcripts.txt相同的写的，我必须写这份成绩单ID及其selected_transcripts.fasta序列。所以，在上面的例子中，我只需要写第一个成绩单。

有什么建议吗？谢谢。

from Bio import SeqIO

my_list = [line.split(',') for line in open("/home/universita/transcripts.txt")]

fin = open('/home/universita/assembly.fasta', 'r')

fout = open('/home/universita/selected_transcripts.fasta', 'w')

for record in SeqIO.parse(fin,'fasta'):

for item in my_list:

if item == record.id:

fout.write(">" + record.id + "\n")

fout.write(record.seq + "\n")

fin.close()

fout.close()

2016-05-13

Chiara E

请参阅https://www.biostars.org/p/68718/ –

您可以[编辑]您的问题，并包括一些'transcripts.txt'以及'assembly.fasta'的一部分，所以我们有一些数据可以使用？ –

你在每个冒号后分开你的成绩单行，但它是空格分开的。这是故意的吗？ –

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