构建pathID、pathName、entrezID三者对应关系

hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG(species = 'hsa')PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID
PATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME
PATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from")
colnames(PATH_ID_NAME) <- c("kegg_ID", "entrez_ID", "pathway")

hsa_kegg包括两个数据框，分别记录 pathID_to_entrezID 和 pathID_to_pathName 对应信息
最终得到的包含pathID、entrezID、pathName三者对应关系的数据框如下：

biomaRt包添加ensembl ID

mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
entrezgene <- PATH_ID_NAME$entrez_ID
ensembl_id<- biomaRt::getBM(attributes=c("ensembl_gene_id", "entrezgene_id"),filters = "entrezgene_id",values=entrezgene , mart= mart)PATH_ID_NAME <- merge(PATH_ID_NAME, ensembl_id, by.x= "entrez_ID",by.y= "entrezgene_id")

entrezID 和 ensembleID 是一一对应的关系
一个 ensembleID 在不同的 keggPathway 中出现

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