UCSC寻找基因位置并用IGV画出基因转录示意图
寻找基因位置并寻找出基因转录示意图
我们这里教大家采用两种方法进行基因转录示意图的查找,一种是直接在UCSC里面进行查找,不过不够方便,并且背景有条纹。另一种是下载基因注释文件到IGV基因可视化软件里面,可以调整的东西更多并且更加明确,同时可以进行下一步操作。
寻找基因位置-UCSC
目前有几个数据库供大家使用,可我真正会使,而且非常方便使用的就是UCSC,下面是使用链接,各个功能的使用速度,真的是令人动容,而且服务器有亚洲服务器。哭了真的是在万军丛中,让我感动而哭(如果你体会到别的比如genebank根本找不到自己想要的,而且加载开vpn还需要一万年你就知道我为啥要哭了)。
UCSC网址
- 1.进入以后选择你要查找的物种,我们以小鼠为例就是GRCm38/mm10
- 2.进入这个界面后直接在搜索框里搜索自己想要的基因(比如sox-2,也可以搜索Pou5f1)
- 3.直接根据所在染色体选取自己想要的就可以(记得选取上面的The Reference Sequence (RefSeq),别选成下面的非小鼠的了)
- 4.这个时候就调整下面的可视化框,寻找自己想要的显示,在那个中间的框图里,把鼠标放上去会有淡绿色的高亮,右键可以选择hide掉自己不需要的视图,并且如果你想要的视角并不在图中间可以右键选择 zoom to 来进行调整,这个zoom to说实话我不太熟练,需要大家自己再摸索一下,毕竟我们这块主要是讲如何在UCSC里面搜索基因,可视化主要推荐的是下一种方法。
igv可视化
这个可视化步骤分为两个1.下载注释文件 2.定位到基因位点进行查看,第一步有时不用做,就是下载注释文件因为IGV里面存储了大部分常见物种的基因注释文件,不过有时不是最新版(因为最新版准确度不一定得到广泛认证)所以需要我们进行注释文件的下载和导入。
IGV里面先看眼有没有自己的注释文件
在左上角more那里点开选择more,选择自己的,如果有就跳过后两步,直接输入刚才在UCSC查到的基因位置(例chr6:122,707,568-122,714,633),但是有时候,搜到的基因位置什么也没有,因为采用的注释文件是久的,这时候我们还需要进行后两步,进行注释文件的手动更替。
下载注释文件
1.下载注在UCSC的download部分,我们要的是基因文件,所以在下图中高亮蓝的 GEnome data中
2.在Genome data 里面选择 mouse文件,或是你需要的物种文件,然后选取里面的Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc) 链接
3.拉到下面选择genes/
4.还是拉到下面选择 mm10.ncbiRefSeq.gtf.gz,我估计别的也可以这个我也没有仔细研究只是看到NCBIRef就选了,我估计别的序列也可以。点击后就可以完成下载,下载的是gtf文件的压缩包,gtf,gtf3 都是基因注释文件的格式,下面我们转到IGV那边进行可视化的工作。
IGV导入注释文件
1.将文件进行解压,打开IGV
2.在上面选项栏中tools选项栏中打开 Run igvtools
3.在igvtools里面选择刚才的gtf文件,会生成一个gtf.tdf文件,这一步是进行排序
4.最后在上面的file选项栏,点load from file ,将刚才排过序的gtf.tdf文件导入,再跳到基因位置进行就可以看到可视化啦
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