GO分析在科研中十分常见，简单的表格或者柱状图已经很难满足大家的需求，今天小编介绍一个专注于可视化的R包--GOplot。安装及加载

###########安装#install.packages('GOplot')#install_github('wencke/wencke.github.io')

###########加载library(GOplot)

数据准备：

data(EC)head(EC$david)###DAVID富集分析结果head(EC$genelist)###差异分析结果###大家也可以根据上面的格式将自己的文件读入circ head(circ)

其中，category代表GO term categoryID代表GO term ID term代表GO term namecount代表该GO term中的基因数量genes代表GO term中相关的基因名logFC代表相关基因差异表达分析中的logFC值adj_pval代表GO term的矫正后p值

其中up，down，count，分别代表在相关GO term中上调，下调，总计的基因数准备好上面的数据，就可以开始绘制各种GO富集分析图啦~figure-1   GOBar

GOBar(circ, display = 'multiple',      title = 'Z-score coloured barplot', ##设置标题      zsc.col = c('firebrick3', 'white', 'royalblue3')##设置颜色      )

figure-2   GOBubble

OBubble(circ, ,##设置标题

GOBubble(circ, title = 'GOBubble plot', labels = 3,

figure-3   GOCircle

GOCircle(circ,         rad1=2, rad2=3,##内径、外径设置         zsc.col=c('firebrick3', 'white', 'royalblue3'),#z-score颜色设置         lfc.col=c('firebrick3', 'royalblue3'),##上调下调颜色设置         label.size=5,label.fontface='bold',##字体大小格式设置         table.legend=TRUE##右侧表格设置         )

GOCircle(circ, nsub = 5)###选择GO term 进行展示(即选取前n行展示)

IDs GOCircle(circ, nsub = IDs)##用户自定义选择GO term 进行展示

figure-4   GOChord

head(EC$genes)

figure-5  GOHeat

GOHeat(chord[,-ncol(chord)], ##去除最后一列logFC       nlfc = 0,#定义logFC列的数量(默认值为0)       )

GOHeat(chord,       nlfc = 1,       fill.col = c('firebrick3', 'white','royalblue3')#颜色设置       )

figure-6  GOCluster

GOCluster(data=circ, process=EC$process,#选择GO term          metric='euclidean',#选择距离度量方法          clust='average', #选择聚类方法          clust.by = 'term',#指定是否应该对基因表达模式或功能类别进行聚类。term(default)  or  logFC          term.width = 2,term.col=brewer.pal(length(EC$process), "Set3"),#GO term 宽度,颜色设置          nlfc=FALSE, lfc.col=c('firebrick3', 'white','royalblue3')#是否包含多个logFC列,颜色设置          )

figure-7  GOVenn(max 3sets)

l1 l2 l3 GOVenn(l1,l2,l3,       lfc.col=c('firebrick3', 'white','royalblue3'),#logFC颜色设置       circle.col=brewer.pal(3, "Dark2"),#Venn颜色设置       label = c('heart development', 'plasma membrane', 'tissue morphogenesis')#标签设置       )

可共参选的样式还是很多的，大家可以尝试起来喽~参考网址：https://wencke.github.io/

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