自由能 亥姆霍兹自由能(Helmholtz free energy)和吉布斯自由能(Gibbs free energy)等概念;IC50/Ki/Kd与结合自由能ΔG关系
****热力学三定律
参考:https://baike.baidu.com/item/%E7%83%AD%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E4%B8%89%E5%A4%A7%E5%AE%9A%E5%BE%8B/10572632?fr=aladdin
热力学第一定律:物体(系统)内能的增加等于物体吸收的热量和对物体所作的功的总和
U = Q + W (Q表示能力,W表示功)热力学第二定律:
热力学系统中熵的改变定义为:在一个可逆过程中,输入热量相对于温度的变化率,即:
S = Q/T (T为物质的热力学温度;Q为热传导过程中输入的热量。)在绝热过程中:
#######################
在热力学定律中:第零定律给出了温度T的定义;第一定律给出了能量守恒的关系;第二定律给出了熵增原理;第三定律告诉人们绝对零度无法达到。
***焓与熵区别
1、焓指能量,熵指混乱度。2、焓的物理意义是体系中热力学能再附加上PV这部分能量的一种能量。H=U+pV。熵的物理意义是体系的混乱程度,定义式:dS=dQ/T。3、从性质上来说,焓和熵都是状态函数,不过熵可以为零(当微观状态数为1)不可为负(显然组合数不能小于1)。
概念
1、自由能
参考:https://www.bilibili.com/video/BV1y7411S7bH/
自由能是指在某一个热力学过程中,系统减少的内能中可以转化为对外做功的部分,它衡量的是:在一个特定的热力学过程中,系统可对外输出的“有用能量”。可分为亥姆霍兹自由能和吉布斯自由能
自由能变化=内能变化+熵能变化
额外:
结合自由能(binding free energy):是指存在于配体与受体之间的相互作用
2、亥姆霍兹自由能(Helmholtz free energy)
自由能在在等温等容的过程中:U是内能,S是熵相关
3、吉布斯自由能(Gibbs free energy)
自由能在在等温等压的过程中:H是焓,S是熵相关
焓H = U + PV (U是内能,所以焓与内能也相关)
IC50/Ki/Kd与结合自由能ΔG关系
结合自由能(或打分函数,Binding Free Energy)可以用如下公式转换为对应的IC50或者Ki/Kd:
ΔGbinding = RT·ln Kdissociated = RT·lnKd ≈ RT·lnIC50 = −RT·pIC50
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