氨基酸三字母转一个字母

#! /usr/bin/python3.5
#-*- coding:UTF-8 -*-
# python 2.x需要指定编码方式
'''http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1A26读取蛋白质结构数据库文件.pdb中的氨基酸，并转化为1个字符的氨基酸名
'''
fin = open("1a26.pdb", "r")
fout= open('fout.txt', 'w')
lib3=("GLY","ALA","VAL","LEU","ILE","PRO","PHE","TYR","TRP","SER","THR","CYS","MET","ASN","GLN","ASP","GLU","LYS","ARG","HIS")
lib1=('G','A','V','L','I','P','F','Y','W','S','T','C','M','N','Q','D','E','K','R','H')  line = fin.readline()
while line:    line=line.strip()   #当参数为空时，默认删除空白符（包括'\n','\r','\t', ' ')  p1=line.find(' ')  str=line[0:p1]       if 'SEQRES'==str:   while True:  line=line.strip()  site=line.find(' ')   #查找空格的位置，找不到，返回-1             if(site==-1):         #site==-1时本行字符串剩最后一个，处理完退出。  print ("line=%s"%line)  for i in range(len(lib3)):  if(lib3[i]==line):  fout.write(lib1[i]+'\n') print ("{0}: {1}".format(str,lib1[i])) break  str=line[0:site]      print ("line=%s"%line)           for i in range(len(lib3)):  if(lib3[i]==str):  fout.write(lib1[i])print ("{0}: {1}".format(str,lib1[i]))breakline=line[site:]  line = fin.readline()
fin.close()
fout.close()

C++ map版：

/***********************************************************************> File Name: 1a26.cpp> Author: ims> Created Time: 2017年05月17日 星期三 15时51分20秒************************************************************************/
#include<fstream>
#include<iostream>
#include<map>
#include<string>
using namespace std;
string& strip(string & s)
{  if (s.empty())   return s;  s.erase(0,s.find_first_not_of(" "));  s.erase(s.find_last_not_of(" ") + 1);  return s;
}
int main()
{string line;string sub;int pos=0;map<string,char>::iterator it;map<string,char>mymap={{"ALA",'A'},{"CYS",'C'},{"ASP",'D'},{"GLU",'E'},{"PHE",'F'},{"GLY",'G'},{"HIS",'H'},{"ILE",'I'},{"LYS",'K'},{"LEU",'L'},{"MET",'M'},{"ASN",'N'},{"PRO",'P'},{"GLN",'Q'},{"ARG",'R'},{"SER",'S'},{"THR",'T'},{"VAL",'V'},{"TRP",'W'},{"TYR",'Y'}};ifstream fin("1a26.pdb");ofstream fout("1a26.out.pdb");if(!fin.is_open()){cout<<"open file failed!"<<endl;return 1;}while( getline(fin,line) ){if(line.find("SEQRES")!=string::npos){while(1){line=strip(line);cout<<line<<endl;pos=line.find(" ")   ;if (pos==string::npos){it=mymap.find(line);if(it!=mymap.end()){cout<<sub<<" : "<<it->second<<endl;fout<<it->second;}break;}sub=line.substr(0,pos);it=mymap.find(sub);if(it!=mymap.end()){cout<<sub<<" : "<<it->second<<endl;fout<<it->second;}line=line.substr(pos+1);}}}fin.close();fout.close();return 0;
}

C++版本：

/***********************************************************************> File Name: 1a26.cpp> Author: ims> Created Time: 2017年05月17日 星期三 15时51分20秒************************************************************************/
#include<fstream>
#include<iostream>
#include<array>
#include<string>
using namespace std;
string& strip(string & s)
{  if (s.empty())   {  return s;  }  s.erase(0,s.find_first_not_of(" "));  s.erase(s.find_last_not_of(" ") + 1);  return s;
}
int main()
{string line;array<string,20>lib1={"G","A","V","L","I","P","F","Y","W","S","T","C","M","N","Q","D","E","K","R","H"};array<string,20>lib3={"GLY","ALA","VAL","LEU","ILE","PRO","PHE","TYR","TRP","SER","THR","CYS","MET","ASN","GLN","ASP","GLU","LYS","ARG","HIS"};ifstream fin("1a26.pdb");ofstream fout("1a26.out.pdb");if(fin.is_open()){cout<<"open succeed!"<<endl;}else{cout<<"open file failed!"<<endl;return 1;}string sub;int site=0;int i=0;while( getline(fin,line) ){if(line.find("SEQRES")!=string::npos){while(1){line=strip(line);site=line.find(" ") ;if (line.find(" ")==string::npos){i=0;for(auto it : lib3){if( it==line){cout<<line<<" : "<<lib1[i]<<endl;fout<<lib1[i]<<endl;break;}i++;}break;}sub=line.substr(0,site);cout<<line<<endl;i=0;for(auto it: lib3){if( it==sub){cout<<sub<<" : "<<lib1[i]<<endl;fout<<lib1[i];break;}i++;}line=line.substr(site+1);}}}fin.close();fout.close();return 0;
}

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