配对样本显著性检验 p值 willcox test 批量检验批量ssgsea分析

(526条消息) 数据可视化——R语言为ggplot图形添加P值和显著性水平_微露的博客-CSDN博客_vlnplot添加p值

head(phe)
ggplot(phe[phe$days_all_samples=="3_samples" &phe$status=='alive',],aes(days_status,AM3_Score)) + geom_boxplot(scale = "width", adjust =.02, trim = TRUE)  +geom_jitter()+ geom_line(aes(x=days_status,y=AM3_Score,color=days.number))+stat_compare_means(comparisons = list(c("Day 1_alive","Day 4_alive"),c("Day 1_alive","Day 8_alive")))+ # Add pairwise comparisons p-valuestat_compare_means(paired = T)
# stat_compare_means(comparisons =list(c('Day 1','Day 4'), c('Day 4','Day 8'),c('Day 1','Day 8')) )
#stat_compare_means(aes(group = status))+
scale_fill_manual(values = c("#00CED1", "#F08080"))+theme_bw()

exprSet=as.matrix(exprSet)
gene.set.list=list('AM3_Gene_features'=AM3_bal)
AM3_bal
gene.set.list=list('AM3_Gene_features'=sort(AM3_bal))#最终结果和AM3_bal中基因的顺序没有关系exp=exprSet#等同于shinny中的算法
ssgsea.res <-gsva(exp,gene.set.list,#method = "ssgsea", #默认方法为gsva#kcdf = "Gaussian",#abs.ranking = T)
View(head(ssgsea.res))
head(phe)cor.test(phe$AM3_Score_shinny,phe$AM3_Score)
cor.test(ssgsea.res[1,],phe$AM3_Score)
cor.test(ssgsea.res[1,],phe$AM3_Score_shinny)
cor.test(ssgsea.res[1,],phe$ventilator_free_days)
cor.test(ssgsea.res[1,],phe$ventilator_free_days)gene.set.list=list("am3_selected_genes"=c("MARCKS","MERTK","GPNMB","LGMN","CD163","PLA2G7","SPP1","APOE","TGFBI","TREM2","ITGAM"))ssgsea.res <-gsva(exp,gene.set.list,method = "ssgsea", #默认方法为gsvakcdf = "Gaussian",abs.ranking = T)phe$ssgsea.res=ssgsea.res[1,]##循环批量 找到最优基因组合AM3_bal
length(AM3_bal)for (gene_numbers in 10:36) {#gene_numbers=20gene.set.list=list(am3_genes=AM3_bal[1:gene_numbers])ssgsea.res <-gsva(exp,gene.set.list,method = "ssgsea", #默认方法为gsvakcdf = "Gaussian",abs.ranking = T)phe$ssgsea.res=ssgsea.res[1,]
#head(phe)#phe[phe$days_sampled=="Day 1",]$ssgsea.res
print(paste0("开始计算========",gene_numbers,"个基因他们是",gene.set.list,"============"))myphe=phe[phe$days_sampled=="Day 8",]
#head(myphe)
#with(phe, shapiro.test(ssgsea.res[status == "alive"]))# p-value = 0.01972#判定是否可以使用t-test http://sthda.com/english/wiki/unpaired-two-samples-t-test-in-r#with(myphe, shapiro.test(ssgsea.res[status == "alive"]))# 0.9465
1#样本中的每一组是否满足正态分布
normality_test=with(myphe, shapiro.test(ssgsea.res[status == "dead"])) #0.6119
if(normality_test$p.value>0.05) {print(paste0("该组别样本满足正态分布,p值为  ",normality_test$p.value))} else {print("该组别样本 ！！不满足正太分布

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