PacBio RS II测序仪特点
PacBio RS II 测序系统原理
PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA(脱氧核糖核酸)分子进行测序,而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析,也不需要在测序之前对DNA样本进行放大,因为放大过程可能引发错误,导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中,给各种碱基加上荧光示踪标记,当碱基合成DNA链时,这些荧光标记就会发出不同颜色的闪光,根据闪光颜色就可识别出不同的碱基。
二、PacBio RS II 测序系统优势 :
1、超长的测序读长:平均测序读长能达到3-5k碱基,最长的序列能达到20k碱基;
2、极端的准确率:对基因组组装和基因组变异检测,可以最多达到99.999%的准确率;选用特殊测序模式,测序准确率可以在达到单个分子99%准确率的条件下,读长超过经典的Sanger测序法;
3、极度的敏感性:可以检测频率在0.1%的 minor variants;
4、直接检测广泛的碱基修饰:除了5-methylcytosine修饰以外, 还可以检测N6-methyladenine, N4-methylcytosine, DNA氧化损伤 以及其它碱基的修饰.
5、最小的GC偏向性(GC bias):在极端高GC和极端低GC区域,可以轻松测定,从而保证序列的均匀覆盖度;
6、无PCR扩增偏向性:样本不需要进行PCR扩增,避免了覆盖度不均一和PCR artifacts. PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA(脱氧核糖核酸)分子进行测序,而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析,也不需要在测序之前对DNA样本进行放大,因为放大过程可能引发错误,导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中,给各种碱基加上荧光示踪标记,当碱基合成DNA链时,这些荧光标记就会发出不同颜色的闪光,根据闪光颜色就可识别出不同的碱基。
二、Pacbio在动植物复杂基因组测序中的优势
(1)杂合基因组:杂合基因组主要指杂合率高于0.5%的二倍体基因组,如大部分水产类和昆虫等;
(2)高重复基因组:主要指重复序列比例高于50%的二倍体基因组,大部分林木;
(3)超大基因组:基因组大小大于3G,甚至是10G以上的物种,如两栖类,部分林木;
(4)多倍体基因组:如四倍体、六倍体植物等。
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