R语言绘制不一样的韦恩图
image.png
韦恩图本来是不想说的,因为很简单,也有在线工具,然而还是有小伙伴询问如何制作韦恩图,那种韦恩图的元素大小用不同大小的圈表示,在线工具可以实现:http://www.biovenn.nl/index.php
图片
但是架不住很多人问R语言如何做,所以还是说一下韦恩图的R画法。同时,也将这个内容升级一下,平常我们见到的韦恩图最多也就是4个集合,但是当大于4的时候,韦恩图可以画出来,可是可视化的效果乱七八糟,导致结果没有任何意义。所以这里也提供一种不一样的集合元素的展示方法,本质是韦恩,但是在展现方式上更加具有优势。
一、R语言绘制韦恩图---集合元素多少用不同大小的圈表示
绘制这种韦恩图需要用到的是Vennerable包:
install.packages("devtools",repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
library(devtools)
install_github("js229/Vennerable")
library(Vennerable) #加载
之后准备数据并读入,每个集合是一个list:
setwd("E:/生物信息学/转录组韦恩图")
A <- read.csv("韦恩图.csv")
Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3)
画图:
Veenplot <- Venn(example)
Veenplot<-Veenplot[, c("Set1", "Set2", "Set3")]
plot(Veenplot, doWeights = TRUE)
这个有一个缺点是颜色不能自定义,但是可以通过导出pdf格式,在AI或者PS中进行修饰即可。
二、Upset绘制不一样的韦恩图
Upset绘制的图在本质上还是韦恩图,只是展示的方式不一样,也是结合元素之间的关系。对于多个集合的比较效果较好。
安装R包:
devtools::install_github("GuangchuangYu/UpSetR")
library(UpSetR)
准备数据:
Set1 <- as.list(A$Set1)
Set2 <- as.list(A$Set2)
Set3 <- as.list(A$Set3)
Set4 <- as.list(A$Set4)
Set5 <- as.list(A$Set5)example <-list(Set1=Set1,Set2=Set2,Set3=Set3,Set4=Set4,Set5=Set5) # 合并列表
example <- fromList(example)#Upset 自带函数转化数据结构
setsBarColors <-c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', '#68A180')# 设置集合颜色
一键画图:
upset(example,nsets=length(example),nintersects = 1000,sets = c('Set1','Set2',"Set3","Set4","Set5"),keep.order = TRUE,point.size = 3,line.size = 1,number.angles = 0,text.scale = c(1.5, 1.2, 1.2, 1, 1.5, 1), order.by="freq",matrix.color="#4285F4",main.bar.color = 'black',sets.bar.color=setsBarColors)
制作完成。
想要示例数据和详细解释的请打赏截图联系作者,留下您的邮箱哦!
R语言绘制不一样的韦恩图相关推荐
- R语言----绘制点与点连线图
引用于:公众号"R语言和统计",原标题为"这篇<新英格兰医学杂志>论文中的美丽的图到底是怎么画的?附R代码' > mydata<-data.fra ...
- R语言绘制圈图、环形热图可视化基因组实战:展示基因数据比较
最近我们被客户要求撰写关于基因组的研究报告,包括一些图形和统计输出. 可以使用环状图形展示基因数据比较.可以添加多种图展信息,如热图.散点图等. 本文目标: 可视化基因组数据 制作环形热图 环形热图很 ...
- R语言绘制环形树状图
R语言绘制环形树状图 1.主要用到dendextend和circlize包绘图: library(dendextend) library(circlize)# 距离矩阵 d <- dist(US ...
- R语言绘制二维密度图
R语言绘制二维密度图 二维密度图显示了两个数值变量之间的关系,一个在x轴上表示,另一个在Y轴上表示,与散点图类似,然后计算二维空间中特定区域内的观测数,并用颜色梯度表示.二维密度图有几种类型,以下主要 ...
- R语言绘制线图(line)实战
R语言绘制线图(line)实战 目录 R语言绘制线图(line)实战 #仿真数据 #基础线图
- R语言绘制空白图实战
R语言绘制空白图实战 目录 R语言绘制空白图实战 #绘制空白图1 #绘制空白图2 #绘制空白图3
- R语言绘制火山图(volcano plot)实战:为差异表达基因(DEGs)添加颜色、基于显著性阈值进行点的颜色美化、为选定基因添加标签
R语言绘制火山图(volcano plot)实战:为差异表达基因(DEGs)添加颜色.基于显著性阈值进行点的颜色美化.为选定基因添加标签 目录 R语言绘制火山图(volcano plot)实战 #导入 ...
- R语言使用pROC包在同一图中绘制两条ROC曲线并通过假设检验检验ROC曲线的AUC或者偏AUC的差异(输出p值)
R语言使用pROC包在同一图中绘制两条ROC曲线并通过假设检验检验ROC曲线的AUC或者偏AUC的差异(输出p值) 目录
- R语言绘制核密度图实战(Kernel Density Plot)
R语言绘制核密度图实战(Kernel Density Plot) 目录 R语言绘制核密度图实战(Kernel Density Plot) #仿真数据
最新文章
- 网络安全工具:Wireshark
- 通过JAVA获取优酷、土豆、酷6、6间房等视频
- python爬取图片-Python爬取网页中的图片(搜狗图片)详解
- 【MM】需求类型清单
- Docker使用中遇到的问题
- file是c语言自带的数据类型吗_C语言中基本的数据类型包括
- 【leetcode-74】搜索二维矩阵
- LSA类型讲解——LSA-1【1类LSA——Router LSA】详解
- mysql ssh .net_c# – 使用SSH.NET库与MySQL建立SSH连接
- HBase性能优化方法总结
- jenkins简介及docker部署
- 用MATLAB计算光的等厚干涉实验中的不确定度
- sata 双硬盘 电源线_电脑双硬盘安装图解教程
- 瑞萨RH850芯片在IAR和CS+编译环境下设置堆(heap)和栈(stack)的大小
- 不用ps如何批量修改图片尺寸?教你一个方法
- 使用gcc生成动态库及使用动态库的方法
- 主动降噪(ANC)算法开发参考书目
- 《大学“电路分析基础”课程实验合集.实验四》丨线性电路特性的研究
- 使用Python脚本读取fasta文件
- 2021高考成绩查询怎么查小分,2021微信哪个小程序可以查成绩 高考成绩怎么查
热门文章
- Python多进程编程及多进程间的通信,数据传输
- MySQL 条件查询
- Ext入门的第一个程序(1)
- 网页视频之MP4文件解析
- 基于Lora实现的屋内火灾报警系统
- 静雅小学学生信息管理系统的设计与实现
- IOS-Svn-Cornerstone 终端 命令行
- nginx: [error] invalid PID number ““ in “/app/nginx-1.16.0/logs/nginx.pid“
- JAVA小实验——接口与继承
- 尚硅谷在线教育一:尚硅谷在线教育相关的基本搭建配置以及讲师管理模块