如何下载编译Linux下RJMCMCMT1D(可逆跳跃马尔科夫链门特卡罗一维大地电磁反演)开源软件

2024-05-04 16:08:25

如何下载编译Linux下RJMCMCMT1D(可逆跳跃马尔科夫链门特卡罗一维大地电磁反演)开源软件

1. 软件包下载

在Bing里搜rjmcmcmt 就可以找到：

点进去下载即可：

打开rjmcmcmt文档中的README:

你需要：

1. 安装Openmpi或者Intelmpi；
2. 下载RJMCMC;(我这里下的是RJMCMC-1.1.0);
3. 打开rjmcmcmt下的submodules里的README，按照提示下载cpp-utils;

下载结果如下：

注：

由于各种原因，本人装的是Intelmpi, 安装教程请参考如何在电脑上安装ModEM（大地电磁三维正反演软件）软件
本人下载的rjmcmcmt安装包非最新版, 是2017年10月版的；最新版的安装过程可以参考本教程。

2. 在Linux系统下解压，编译

将下载的压缩包拷贝到Linux 中的~/Downloads目录下，并解压：

2.1 编译RJMCMC-1.1.0

在家目录下创建rjmcmc ：

mkdir rjmcmc

然后，参照RJMCMC-1.1.0 里的README 进行编译：

./configure --prefix=/home/acer/rjmcmc CC=mpiicc FC=mpifort CXX=mpiicpc
make
make install
export PATH=${PATH}:/home/acer/rjmcmc/bin
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/acer/rjmcmc/lib

至此，RJMCMC-1.1.0编译结束。设置环境变量：

vim /.bashrc

将下面代码拷贝到 .bashrc 文件中：

# rjmcmc Environment
export PATH=${PATH}:/home/acer/rjmcmc/bin
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/acer/rjmcmc/lib
export PATH=${PATH}:/home/acer/Downloads/rjmcmcmt/bin/gadi/intel

2.2 拷贝cpp-utils

将cpp-utils-2017下的src文件夹拷贝到rjmcmcmt-2017/submodules/cpp-utils/ 下；

2.3 编译rjmcmcmt-2017

打开makefiles文件夹：

cd makefiles

用vim命令查看并编辑 run_make.sh

vim run_make.sh

注释掉 module load rjmcmcmt/intel 这一行；
用 mpiicpc 替换 mpiCC;
用 “which mpiicc” 替换 “mpiCC --showme”
保存。

编辑结果如下图所示：

按照软件包里给的README，到此准备工作已经结束，可以运行run_make.sh. 但事实上，并非如此。这时运行run_make.sh会出现：“MPI_part1d_forwardmodel” is undefined：

解决这个问题，只需将将"export LIBRJMCMC_ROOT=/home/acer/rjmcmc"加入到rjmcmcmt.make和generate-synthetic-data.make中即可：

3. 添加环境变量

将下面代码添加到 .bashrc 文件中：

# rjmcmcmt
export PATH=${PATH}:/home/acer/Downloads/rjmcmcmt-2017/bin/raijin/

4. 编译

在任意位置输入 generate_synthetic_data.exe ，得到如下结果：

在任意位置输入 rjmcmcmt.exe 得到下图：

编译成功！

注：如何使用此软件包，敬请关注。

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