蛋白质折叠的霰弹枪方法

“我们一旦使用计算机来尽可能地去拼接2.5万个嗜血杆菌基因组的全部片段时，最后得到叫做重叠群的较大碎块，该碎块由一套重叠的DNA片段组成。为了把重叠群装配成基因组，我想我们可以从几百个任意λ克隆体的两端比较序列。如果一个λ克隆体的一端与一个重叠群相匹配，另一端与另一个重叠群匹配，那我们自然就知道这两个重叠群的次序和定位了。”---全基因霰弹枪测序法

[美]克雷格.文特尔_《第一推动丛书》解码生命

蛋白质有一个特征的形态，与环境无关。这意味着蛋白质作为一种形态他的分类环境就是蛋白质本身。所以蛋白质的最终形态仅取决于组成蛋白质的氨基酸和氨基酸片段之间的相互作用。

氨基酸与氨基酸之间的相互作用是化学作用，但作用的结果一定有一个外部形态的表象。最终的外部形态对应着化学作用的平衡态，因此氨基酸与氨基酸或者氨基酸段落和氨基酸段落之间的化学作用的结果可以用两个形态之间的差异来等价的描述。而两个形态之间的差异的大小显然就是收敛误差一定时的迭代次数，

所以如果用类似霰弹枪的方法把蛋白质分割成一定数量的片段，并在已知的蛋白质中收集片段与片段之间形态差异的平衡迭代次数，并且通过旋转拉伸等方法把未知的片段与片段之间的迭代次数调整为平衡迭代次数，得到的是这个未知蛋白质的最优结构吗？

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蛋白质折叠的霰弹枪方法

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