使用gsds绘制基因结构图_使用SnapGene viewer绘制比较基因簇结构图

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小编前期介绍了如何使用SnapGene viewer寻找酶切位点和设计引物，

你们学会了吗？(点击回顾前文)

SnapGene viewer是一款专业的质粒图谱绘制软件，也可以绘制比较基因簇结构图，小编以基因组里的原噬菌体为例，想要学习的小伙伴们，可以跟着小编学习哦！

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1寻找原噬菌体1.1 PHAST打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址，输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit.

1.2 选择prophage

选取PHAGE_Shigel_SfII

2 NCBI BLAST比对2.1目标序列的比对通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.2 blastp比对一般我们认为identity >30%；e-value <1e-10；score>200；overlap >60%，二者具有同源性。3 SnapGene viewer作图3.1导人序列导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因(gb文件)，导入序列后，SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息，依次点击下方的图标，将文字信息去除。3.2 基因结构绘制双击在DNA line下方的基因，适当调小基因的长度，让基因落在DNA line上(这里是使图片美观的，也可以不设置)，根据比对结果，与基因组同源的基因设置成一样的颜色，点击file，将图片导出 Map。(svg矢量图格式，用于后续AI绘图)3.3使用AI软件进行拼图打开Adobe Illustrator CS6，选中矢量图，放置到一个模板里，小编这里就只加了标尺与名称，根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。

这项绘图的小技巧学会了吗？

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